Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 512,643 A→G 46.4% intergenic (+711/‑150) recR → / → rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730512,6430AG46.4% 46.1 / 135.8 133intergenic (+711/‑150)recR/rrs1recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (36/34);  new base G (26/35);  total (64/69)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 140 total aligned reads displayed.

GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT  >  CP000730/512504‑512781
                                                                                                                                           |                                                                                                                                          
 gttttaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAACATTATTCGGAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                                           <  1:489661/135‑1 (MQ=255)
 gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                                           >  2:351198/1‑140 (MQ=255)
     aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGTCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGTAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                                       <  1:309875/140‑1 (MQ=255)
       tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                                     >  1:621822/1‑140 (MQ=255)
             cTGTTGTTAAGCAGCATGAAAGGCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTAATAAAATGtatat                                                                                                                               >  2:474204/1‑139 (MQ=255)
               gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGCATTACTAAAGAAAATTAATTCATAAAATTTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                                             >  2:233924/1‑140 (MQ=255)
               gttattAAGCAGTTTGAAAACCTGTATACTACATATGAGTTGAGGAAAAAAACACAATGCAACGTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAGTAATTTTAAAAATTTATTGACTTCAATGTTAATAAAATAGAtaatt                                                                                                                             >  2:140827/1‑140 (MQ=255)
               cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                             >  1:640451‑M1/102‑140 (MQ=255)
               cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaaaaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                             <  1:291663‑M1/39‑1 (MQ=255)
                ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                                            <  2:628904‑M1/40‑1 (MQ=255)
                  agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                          <  2:548103‑M1/42‑1 (MQ=255)
                   ttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                         <  1:351198/140‑1 (MQ=255)
                   gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                         <  2:479143‑M1/43‑1 (MQ=255)
                   gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGATGAAAAAATGTATaattaatt                                                                                                                         <  2:159140‑M1/43‑1 (MQ=255)
                    cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                                        <  1:271463‑M1/44‑1 (MQ=255)
                     gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaaaaaaatggacaagatcaAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                       <  1:123347‑M1/45‑1 (MQ=255)
                     aaGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                       <  1:374279/140‑1 (MQ=255)
                       gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                                                     >  1:573205/1‑140 (MQ=255)
                        gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                                    <  2:481927‑M1/48‑1 (MQ=255)
                         aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAATAAAACTTAACTTAAGAAATAACTTGTATTACTAATGAAAATTAAGTTTAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                   <  1:123806/140‑1 (MQ=255)
                         aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                   >  2:371025/1‑140 (MQ=255)
                          gTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                                  >  1:401550/1‑140 (MQ=255)
                            gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTCTTGAAATAAATGATGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                                <  1:450810‑M1/52‑1 (MQ=255)
                            gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGt                                                                                                                <  1:158517‑M1/52‑1 (MQ=255)
                            gtagtcgaacttacgatccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTAATTGACCTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                                <  1:493585‑M1/52‑1 (MQ=255)
                              gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                                              <  2:652425/140‑1 (MQ=255)
                               aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                             >  2:391759/1‑140 (MQ=255)
                                 aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                                           >  2:217821/1‑140 (MQ=255)
                                        ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAGCGACAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGTAAAATGaa                                                                                                    >  2:181191/1‑140 (MQ=255)
                                        acgttccgctagaggagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                                                    >  1:565712‑M1/77‑140 (MQ=255)
                                         taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAATAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                                   <  1:194216/140‑1 (MQ=255)
                                         taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                                   >  2:205230/1‑140 (MQ=255)
                                           ttccgctagagtagaacgttgccgggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                                                                 >  2:535453‑M1/74‑140 (MQ=255)
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                                                               gccaggcagttttttaatcaaattttgattaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                             >  2:438754‑M1/54‑140 (MQ=255)
                                                                caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                                            <  1:523424/140‑1 (MQ=255)
                                                                 aaaataaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                           >  1:452677/1‑140 (MQ=255)
                                                                  aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAAATGACAATATGTc                                                                          <  2:343882‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                  aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAAATGACAATATGTc                                                                          >  1:308364/1‑140 (MQ=255)
                                                                     cagttttttaatcaaacttaggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                                       <  2:307179‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                       actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGt                                                                     >  2:445622/1‑140 (MQ=255)
                                                                         ttattaatcaaattgtgcttaaaaaataaaatgtacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTTAATGACAATATGTCAACGTTa                                                                   >  2:447740‑M1/44‑140 (MQ=255)
                                                                         tcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAGAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa                                                                   >  1:472250/1‑140 (MQ=255)
                                                                         tcaacgTAAGAAACAATTTGAATTACTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa                                                                   <  2:370617/140‑1 (MQ=37)
                                                                           tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGCAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                                 >  1:159140‑M1/42‑140 (MQ=255)
                                                                           tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                                 <  1:250283‑M1/99‑1 (MQ=255)
                                                                           gataagcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACGGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                                 >  1:478403‑M1/42‑140 (MQ=255)
                                                                              ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                              <  2:566754/140‑1 (MQ=255)
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                                                                                aaGAAATAACTTGAATTAATAACTAAAATTAATTTTAAAAAGTTTTTGAATTAAAAGTTAATTAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                            <  1:288697/140‑1 (MQ=38)
                                                                                 aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                                           <  1:536978/140‑1 (MQ=255)
                                                                                 aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                                           <  1:516293/140‑1 (MQ=255)
                                                                                     ttttggttaaaaaataaaatggacacgataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAACCTGCATGACAATATGTCAAAGTTAATTCCAAAAAAc                                                       <  2:482529‑M1/109‑1 (MQ=255)
                                                                                            taaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                                >  1:202741‑M1/25‑140 (MQ=255)
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                                                                                                 aataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                                           >  1:548103‑M1/20‑140 (MQ=255)
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                                                                                                         ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATACATGACGGAAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa                                   <  1:206370‑M1/129‑1 (MQ=255)
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                                                                                                              aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATTTATAATAAATTCTTGTCGATAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAGGACAATAAGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAGattaat                              >  1:551487/1‑138 (MQ=25)
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                                                                                                                   tAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa                         <  2:310948/140‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                          ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa                  >  2:269067/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                           tATTGACTTAAATGTTAATAAAATGAATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTAAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGAATTTCTGAg                 >  2:657631/1‑140 (MQ=21)
                                                                                                                           tATTAACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATGAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg                 <  2:400237/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             ttGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATAAGCt               >  2:616695/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                              tGACTTAAATGTTCCTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACATTCTGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTCGTATCTATAAGCTa              >  2:453133/1‑140 (MQ=21)
                                                                                                                               gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAATGAATGACAATATGTCAACGTTGATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa             >  2:402692/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                   tAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTTAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaa         <  2:59025/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        gTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatc    <  1:97158/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAACTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca   <  2:112027/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAATAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat  <  1:233499/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat  <  1:619730/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          gaataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAATAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat  <  1:213212/139‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                          
GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT  >  CP000730/512504‑512781

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: