| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,952,639 | A→G | 11.2% | Y700Y (TAT→TAC) | epiB ← | lantibiotic epidermin biosynthesis protein EpiB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,952,639 | 0 | A | G | 11.2% | 176.2 / 8.8 | 71 | Y700Y (TAT→TAC) | epiB | lantibiotic epidermin biosynthesis protein EpiB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/36); new base G (4/4); total (31/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
ATGGCTTATCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTAGTAGAAGCTTGTTATCTCCATAAACT > CP000730/1952509‑1952777 | aTGGCTTATCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTAATTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAAGAATTTCATACACAAGa > 2:446412/1‑140 (MQ=255) gCTTATCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTTGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCa < 1:419433/140‑1 (MQ=255) aTCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCt < 2:343804/140‑1 (MQ=255) tCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCtt > 2:226357/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGtt < 1:74236/140‑1 (MQ=255) tCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGttt < 2:561589/140‑1 (MQ=255) tCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGttt < 2:561534/140‑1 (MQ=255) tCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTACTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTAGAAAAAAAAAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGttt < 2:122248/140‑1 (MQ=255) taaTATCTGTATTTTTTTATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTTCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTa < 1:327879/139‑1 (MQ=255) aaTATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACAGATGATCATTTTTTGATTGAGGTAAAAATGGTTCTACTATACTTTCTCGTTTAt > 2:516366/1‑140 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(MQ=255) gTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGcttctt < 1:550895/140‑1 (MQ=255) tATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTta > 2:134423/1‑140 (MQ=255) tATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTta > 2:463212/1‑140 (MQ=255) agttttGTATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTTCTCGCTATTATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTtat < 2:637214/138‑1 (MQ=255) aTTTTTATATTTTTGAATTTCGATTTCGGGTCATCAAAATCATAATTTTTTATAAATTTGTTTAACAATTTCATACACATTATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTCAACGTACACGTTTACGCTTCTtat < 2:636774/140‑1 (MQ=255) aTTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTtat < 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tttCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGATTCTTATATTCTTTAATCAATAAAAATATCTGATTACATATCAATAAATTTAGTAGCAGCttttaattgccatga > 2:184818/1‑127 (MQ=255) cATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTATTAGAAGCTTGTTATCTCCATAAACt > 1:103295/1‑140 (MQ=255) | ATGGCTTATCGATATGAATATGTAATGCAAACCAGTCTTTGTCATATTCAATATCTGTATTTTTATATTTTGGAATTTCGATTTCGGGTCCTCGATAAGATGATTTTTTATAAATTGGTGTAACAATTTCATACACATGATCATTCTTTGATTGAGGTAAAAATGATTCTACTAAACGTACACGTTTATGCTTCTTATATTCTTTCATCAATAAATATCTATGATTAGCTAATGATAAATTTAGTAGAAGCTTGTTATCTCCATAAACT > CP000730/1952509‑1952777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |