| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | ygaD ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 167.0 / NA | 55 | C146Y (TGT→TAT) | ygaD | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (29/26); total (29/26) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGG > CP000730/2010234‑2010494 | gtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTTAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 1:175099/140‑1 (MQ=255) tCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAGAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCaa > 1:576860/1‑140 (MQ=255) cAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCaaa > 2:494527/1‑140 (MQ=255) cAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCaaa > 2:296089/1‑140 (MQ=255) 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1:18044/1‑140 (MQ=255) gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAAt < 1:607662/140‑1 (MQ=255) acacCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCt < 2:456591/140‑1 (MQ=255) gTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgt > 2:550425/1‑140 (MQ=255) atgtaaaatgGCAAGATAACCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATCATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTc < 2:155150/140‑1 (MQ=255) tgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAACAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCa < 2:456329/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgGGAAGAGAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:149307/140‑1 (MQ=255) ggAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTa > 2:664117/1‑140 (MQ=255) gATAAATAGTTCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCa < 2:213162/140‑1 (MQ=255) gATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCa < 1:614699/140‑1 (MQ=255) gATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCa < 1:347337/140‑1 (MQ=255) aTAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc > 1:426226/1‑140 (MQ=255) aaCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActct > 2:226799/1‑140 (MQ=255) aCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTa < 1:570719/140‑1 (MQ=255) aCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAACCTTTTGTGTTTTCAACATCATTAATCACTCTa < 2:142902/140‑1 (MQ=255) gctgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCACCATCATTAATCACTCTAGctat > 2:270386/1‑140 (MQ=255) gctgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGatat > 1:156040/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtct > 2:375436/1‑140 (MQ=255) ttATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTCAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtctc < 2:476545/140‑1 (MQ=255) ttAGGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTCAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTTCTTGATTATTAGCATAAAAtctc < 2:476621/140‑1 (MQ=255) gATAGTTCAATAATAATTGTTATATAATCTAGCCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTATTTAACATCATTAAGCACTCTTGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt < 2:202/140‑1 (MQ=255) tAGTGCAATAATAAATGTTATATAATCTAACCAGATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCTTTAATTACTCTAGTTATTACTTGACCTACTTGATTATCAGCATAAAATCTCGCACTTa < 1:405445/140‑1 (MQ=255) aGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTTTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACttca > 1:663415/1‑138 (MQ=255) gTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaa > 2:564519/1‑140 (MQ=255) cAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCCT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAATCt > 1:396239/1‑140 (MQ=255) aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAAt > 1:627532/1‑140 (MQ=255) ttGTTATATAATCTCACCAAATATTCAA‑TAATCTGGTTAACATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCCCTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATgg > 2:276813/1‑140 (MQ=255) ttGTTATATAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATAACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATgg > 1:218607/1‑140 (MQ=255) | GTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCAT‑TAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGG > CP000730/2010234‑2010494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |