| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 51,327:1 | +G | 100% | coding (29/1092 nt) | USA300HOU_0043 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 51,327 | 1 | . | G | 53.8% | 34.3 / 45.7 | 26 | coding (29/1092 nt) | USA300HOU_0043 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/7); new base G (7/7); total (12/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |