| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,817 | A→T | 47.9% | intergenic (+48/+60) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,817 | 0 | A | T | 47.9% | 62.0 / 96.6 | 70 | intergenic (+48/+60) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/12); new base T (14/19); total (38/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
TGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATA > CP000730/35688‑35956 | tGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGATCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTATGTTGc < 2:219327/141‑1 (MQ=255) aGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAATAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATGTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAATTAAAAAAttaa > 2:202093/1‑140 (MQ=255) aGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAatat > 1:336149/1‑141 (MQ=255) atgatCTCATTGACAAAGTATCTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATACAATTGTGAACTAATAAAAATAGAAGGTCTCGTTGCAAAGTAAAAAAATATAg > 1:205410/1‑141 (MQ=255) tgatCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGc > 2:103352/1‑141 (MQ=255) tgatCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGc > 1:61143/1‑141 (MQ=255) tctcATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGCTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTaa > 2:215785/1‑141 (MQ=255) tGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATGAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTa > 2:345351/1‑141 (MQ=255) gACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTaa > 1:65327/1‑141 (MQ=255) gACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTaa > 2:199838/1‑141 (MQ=255) tAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATGACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTAATCATGTc > 2:211369/1‑141 (MQ=255) gAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAGAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTc > 1:131790/1‑141 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCtcaa < 1:84301/141‑4 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTATTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAAAAGGTTCTTTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTaa < 2:30590/141‑1 (MQ=255) cAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACt‑‑t > 1:79028/1‑141 (MQ=255) aGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑Tg > 1:361765/1‑141 (MQ=255) tataAAGTTATTGGCGAAAAATGCTTACTTGCACAAAAGCTACAATTAAATTGTAAAGCAAAGTGAGTTGAAGGTTCTGTTGCAGATTTTGAAAATGTGGCGATGCTCTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCt < 2:390835/141‑1 (MQ=12) ataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAACTAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAATAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAAAT‑‑CGCTa > 2:152762/1‑141 (MQ=255) ataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAAAAAGAGCTAAAATAAAATTGAGATCTAAAAAAAATAGAAGGTTATGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGATAACCACTAATTTATCATGTAAGTGATAGATACACT‑‑TGCTa > 2:152820/1‑141 (MQ=25) agaaaGTTTTTGGCGAAAAATGAGTACGTGAAAAAGAGCTAAAGTAAAATTGTGATCAAATAAAAATAGAAGGTACTGTTGCAAAGAAAAAAAATATAGCTGACCACTAATATAACATGTCAGTGTTCGCATAACtgactc > 2:152768/3‑136 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCatgatg > 2:33293/1‑141 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCatgatg > 1:51269/1‑141 (MQ=255) ggCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTa < 2:103130/141‑1 (MQ=255) gAAAAATGATTACTTTAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAAtt > 1:294749/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCGAATAACAATAGACGGTTCTGTTGCCAAGTACAAAAATATAGCTAACCACTGATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAAttt < 1:15612/141‑1 (MQ=21) tACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCATAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATg > 2:220994/1‑141 (MQ=255) aCTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATAATGTCAGAGTACGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATgg > 2:88980/1‑141 (MQ=255) cTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTACCCACTAATTTAGCATGTCAGTGTCTGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCatggcatggc < 1:289646/141‑1 (MQ=21) ttaaCAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGa < 2:50736/139‑1 (MQ=255) tGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCTTGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGTTGCTATTTTCGTGGCATGGCGa < 1:197718/141‑1 (MQ=255) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa > 2:363379/15‑141 (MQ=11) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa > 2:387443/15‑141 (MQ=11) taaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAGAATCCGTAGATCTGa > 2:74608/1‑141 (MQ=255) caaaggagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag > 1:268552/14‑141 (MQ=11) aaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAaga < 2:369002/129‑1 (MQ=11) aaagagtattgtaataaAAAT‑GATGATTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGCTCGATTAGCT‑‑TACTATCATGATGCTAATTTCGTGGCATGACAAAAGTCCGTAGATCTGAagag > 2:337085/12‑141 (MQ=2) aagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAgaga > 1:311166/11‑141 (MQ=11) aagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAgaga < 2:188235/131‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑‑TAACTGCCCCGAGCATGATGCTTGAATCTTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATTTGAAGAGAc < 1:289441/132‑1 (MQ=2) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGGCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:178887/132‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:29740/133‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:270921/135‑1 (MQ=11) gtattgtaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 1:59417/135‑1 (MQ=11) tgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAACAGTAGATCTGCagaaaact > 2:349245/1‑136 (MQ=255) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc > 2:274299/6‑141 (MQ=11) gattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:93929/136‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTCGCCTGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:391118/137‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:357293/137‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:157762/137‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGTCCTGCgg > 2:385487/4‑141 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:59277/138‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:365927/138‑1 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑CAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTGAGTGTTCGTTTAACT‑‑TAGTAGCATGATGCTAATTTCGTGGGATGGGAAAAATCGGTAGGTATGAGAAGACCAGCggg > 2:3582/3‑140 (MQ=2) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:88204/139‑1 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGGTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:235082/139‑1 (MQ=11) tCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 2:131790/141‑1 (MQ=255) taataaAAATAGAAGGGTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTGACCCCTAATTTATCATGTCCGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 1:215785/141‑1 (MQ=255) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTACTATATCATGTCAGTGTTCATAAAACT‑‑TAATAGCAAGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGCACTGGAAAGACCTGCCGTCCt > 2:238377/1‑141 (MQ=2) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt > 2:246254/1‑141 (MQ=11) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt < 1:213740/141‑1 (MQ=11) ataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc > 1:134379/1‑141 (MQ=38) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 1:215423/1‑141 (MQ=11) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 2:166983/1‑141 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 2:282856/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 1:344232/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt > 1:394659/1‑141 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 1:311184/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATACTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACTTGCGGTTCttt > 1:123703/1‑141 (MQ=11) aaaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGAACTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 2:288962/141‑1 (MQ=25) aaaaGAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 1:313010/141‑1 (MQ=18) aaGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatata < 2:185097/141‑1 (MQ=11) | TGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATA > CP000730/35688‑35956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |