| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,889 | G→A | 19.1% | intergenic (+947/‑187) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,889 | 0 | G | A | 19.1% | 68.9 / 7.2 | 35 | intergenic (+947/‑187) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/8); new base A (4/3); total (24/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTATCAAAATATCAATACAGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAA > CP000730/76750‑77029 | gTATCAAAATATCAATACAGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCCAGTTAAGc > 1:190859/1‑141 (MQ=17) aaaTATCAATACAGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAacac < 1:115626/141‑1 (MQ=32) caatcaaGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAGTGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACAt < 1:133890/135‑1 (MQ=0) acggCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGTAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCCCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACATGATa > 2:19997/4‑141 (MQ=0) 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(MQ=255) tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa > 1:193445/1‑141 (MQ=255) ccACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGACAACACTGACCTGGTTAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACa < 1:268310/141‑1 (MQ=21) cACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAAGTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAt > 1:33858/1‑141 (MQ=255) cGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTCATTTATATAGTATTACTGCAAACATTg > 1:117944/1‑141 (MQ=255) aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTggg > 1:278679/1‑141 (MQ=255) acgCTAGCCAATCAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTTTATGTGTTTACTTTGCAACAGAATCTATAAACAACATGGGTTTTAATGGTTTATTTAGTTAGTATTACCTCAAACATTGATTTGGGTCaaaa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |