Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 512,643 A→G 44.4% intergenic (+711/‑150) recR → / → rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730512,6430AG44.4% 16.9 / 71.7 64intergenic (+711/‑150)recR/rrs1recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (13/22);  new base G (8/20);  total (21/43)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAC  >  CP000730/512511‑512776
                                                                                                                                    |                                                                                                                                     
tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                                                               <  1:149349/141‑1 (MQ=255)
         ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttcaccgttaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                      >  1:91325‑M1/101‑141 (MQ=255)
          tggcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                     >  2:325437‑M1/100‑141 (MQ=255)
           gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                    >  1:22491/1‑141 (MQ=255)
            gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgatagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                                   <  1:310361‑M1/44‑1 (MQ=255)
              aaGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                                                 >  2:17459/1‑141 (MQ=255)
                cgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                               >  1:342031‑M1/94‑141 (MQ=255)
                    ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                           <  1:337073‑M1/52‑1 (MQ=255)
                    ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                           <  1:346380‑M1/52‑1 (MQ=255)
                     gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                                          <  2:130491‑M1/53‑1 (MQ=255)
                     gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTCATAAAATGTATAATTAATTCTTctcgtta                                                                                                          <  2:45110‑M1/53‑4 (MQ=255)
                      tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                                         <  2:37759‑M1/54‑1 (MQ=255)
                       agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGtaaa                                                                                                        <  1:311169‑M1/55‑2 (MQ=255)
                        aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                       <  1:53848/141‑1 (MQ=255)
                         aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                                      <  1:295738/141‑1 (MQ=255)
                           gaacttatgtttcgctaaaataaaactttcgcaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                                    >  1:112363‑M1/83‑141 (MQ=255)
                           gaacttacgttccgctagagtagaacgttgctaggcagtattttgatcacaatttggttaaaaaataacatgaacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATCTTGATAAAAAGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGaaaa                                                                                                    <  2:71696‑M1/59‑1 (MQ=255)
                           gaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatttttgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                                    >  2:107126‑M1/83‑141 (MQ=255)
                              cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                                 <  2:118444‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                tataGTATTTATTTGTTAAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                                               <  1:61722/141‑1 (MQ=255)
                                 ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaaa                                                                                              >  2:33254/1‑140 (MQ=255)
                                 ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                              >  2:372523/1‑141 (MQ=255)
                                 ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                              >  2:4616/1‑141 (MQ=255)
                                      ccgctagagtagaacgttgccaggcagtcttttccacaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAACGTATAATTAATTCTtgtcgctaagaaaaagaaccatcga                                                                                         <  2:65386‑M1/70‑11 (MQ=255)
                                       cgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaa                                                                                        <  1:349913‑M1/71‑1 (MQ=255)
                                        ttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                                       <  2:84263/141‑1 (MQ=255)
                                          atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                                     >  1:237387/1‑141 (MQ=255)
                                           tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                    >  2:324808/1‑141 (MQ=255)
                                            gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                   <  1:247000‑M1/76‑1 (MQ=255)
                                              gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAATATGAACATTGAAAACTGaa                                                                                 >  1:328465/1‑141 (MQ=255)
                                                 gAGGCAAACAAAACGACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                                              >  2:268246/1‑141 (MQ=255)
                                                      ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                                         <  1:168010‑M1/86‑1 (MQ=255)
                                                       aacaaaaaaaCTCCACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATCAATTTTAAAAAGTAATAGAATTAAATCTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTCCGAAAAATGAATATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                        <  2:144550/141‑1 (MQ=255)
                                                             aaaactcaactTAAGAAATAATTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                                  <  1:60553/139‑1 (MQ=255)
                                                                     atttAAGAAATAACGTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                                          <  2:294225/139‑1 (MQ=255)
                                                                     actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                                          <  1:48093/141‑1 (MQ=255)
                                                                     actTAAGAAATAACCTGAATTACTAGCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtgc                                                          <  1:197211/141‑3 (MQ=255)
                                                                      attAAGAAATAAAGTGAACTACGAATGAAAATTAATATTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTCAtacg                                                         <  2:299491/140‑4 (MQ=38)
                                                                       aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAGATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa                                                        <  2:189967‑M1/103‑1 (MQ=255)
                                                                       aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa                                                        <  2:265878‑M1/103‑1 (MQ=255)
                                                                            aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                                   <  2:74997‑M1/108‑1 (MQ=255)
                                                                              aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                                                 <  1:46036/141‑1 (MQ=255)
                                                                               ttatgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATACCAAAAAACGt                                                >  2:350464‑M1/31‑141 (MQ=255)
                                                                                 tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGGTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCGAAAAACTTaa                                              <  1:119934‑M1/113‑1 (MQ=255)
                                                                                  ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                             <  1:394790‑M1/114‑1 (MQ=255)
                                                                                  cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                             <  2:366464/141‑1 (MQ=255)
                                                                                   ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAACTCCAAAAAACGTAACt                                            <  1:197310/141‑1 (MQ=255)
                                                                                    ttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGAACGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                           <  2:335528‑M1/116‑1 (MQ=255)
                                                                                          aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGTAACTATAAGtt                                     >  1:352688/1‑141 (MQ=255)
                                                                                              aCGAAAATTAATTTAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTACATATAAGTTACaa                                 >  2:171274/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc                               >  2:234851/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc                               >  2:393936/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                 tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa                              >  2:310361‑M1/13‑141 (MQ=255)
                                                                                                        attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                       <  1:17459/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                          tttAAAAAGTTAGTGACCTAAATGTTAATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCGGCAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                     <  2:152389/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           ttAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa                    <  2:104822/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  gTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa             >  1:95801/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg            <  1:126569/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       tGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa        <  1:156541/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       tGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa        <  1:130491/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       tGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa        <  1:330582/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        gaatgaaaTGTTAATAAAATGTAGAATCAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAAt       <  2:394471/136‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCa     <  1:227731/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             aaaTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAc  <  1:324808/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    |                                                                                                                                     
TTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAC  >  CP000730/512511‑512776

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: