| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,610,233 | A→G | 11.5% | S195P (TCT→CCT) | srrB ← | sensor histidine kinase SrrB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,610,233 | 0 | A | G | 11.5% | 74.0 / 4.3 | 35 | S195P (TCT→CCT) | srrB | sensor histidine kinase SrrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/18); new base G (2/2); total (15/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
GCTGTCTCTAATATTTTTAGATGTGGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGGTGATAATCGTAATAGCATTATTTGT > CP000730/1610093‑1610368 | tcTGTCTCTAATATTTTTAGATGTGGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGa < 1:15363/140‑1 (MQ=255) cTGTCTCTAATATTTTTAGATGTGGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGAt > 2:248594/1‑141 (MQ=255) tGTCTCTAATATTTTTAGATGTGGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAAATa > 1:195051/1‑141 (MQ=255) tctAATATTTTTAGATGTGGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGGCCAAATTCATCTTTCGTTGTGACAGACGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACg < 1:371188/141‑1 (MQ=255) tAGATGTGGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGGTACACGTGTAGCTTGGt > 2:263813/1‑141 (MQ=255) tAGATGTGGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGGTACACGTGTAGCTTGGt > 1:79376/1‑141 (MQ=255) tgtgGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTctct < 2:379049/141‑1 (MQ=255) tgtgGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTctct < 2:7158/141‑1 (MQ=255) gATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTaaa < 2:38681/141‑1 (MQ=255) cGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTa > 1:111329/1‑141 (MQ=255) tGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGtttt > 1:250931/1‑141 (MQ=255) gCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTg > 2:118725/1‑141 (MQ=255) gCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGAGACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTg < 2:257233/141‑1 (MQ=255) tctTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTa < 2:312517/141‑1 (MQ=255) tCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAAtt < 1:182615/141‑1 (MQ=255) gATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCt < 1:308630/141‑1 (MQ=255) tGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGa < 1:17515/141‑1 (MQ=255) tGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATGTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGa < 2:175988/141‑1 (MQ=255) cTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGaaaaa > 1:350377/1‑141 (MQ=255) aaaTGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGGTACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCaaa < 1:263813/141‑1 (MQ=255) aaaTGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGGTACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTAAACAAAAAAAAAAACGCaaa < 2:79376/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGGTGa < 1:35391/141‑1 (MQ=255) gagTAATCCCCTTCAGATACACGTTTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGGTGATAATCGTAATa < 2:46111/141‑1 (MQ=255) ttAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGCCTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGGTGATAATCGTAATAGc < 2:64075/140‑1 (MQ=255) gTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGGTGATAATCGTAATAGc < 1:118725/141‑1 (MQ=255) ccccTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGGTGATAATCGTAATAGCattat > 1:144795/1‑141 (MQ=255) ccTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGCGGATAATCGTAATAGCATTAttt > 2:96741/1‑141 (MQ=255) ccTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGACGTAATTATGGTGATAATCGTAATAGCATTAttt > 2:98268/1‑141 (MQ=255) cTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGGTGATACTCGTAATACCATGCTTTg > 2:383394/1‑141 (MQ=255) ttCAGATACACGTTTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGGTGATAATCGTAATAGCATTATTTGt < 2:292912/141‑1 (MQ=255) | GCTGTCTCTAATATTTTTAGATGTGGATAATGCGTCGACATGCTCTTCGATTTCTGTACTCATCTGATTAAATGCCTGCGATAATTGACCAATTTCATCTTTCGTTGTGACAGAAGGTTTATAAGAGTAATCCCCTTCAGATACACGTGTAGCTTGGTCTCTTAAACGTCTTAAAGGTTTTGTAATTCTTGACGATAAGAAAAACGCAAAGACTGTTGTAATTGTTAAGAAAATAACAGCCGTAATTATGGTGATAATCGTAATAGCATTATTTGT > CP000730/1610093‑1610368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |