| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,086,905 | (A)8→7 | intergenic (‑56/‑629) | USA300HOU_1946 ← / → chp | hypothetical protein/chemotaxis inhibitory protein CHIPS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,086,898 | 0 | A | . | 96.9% | 137.8 / ‑1.5 | 32 | intergenic (‑49/‑636) | USA300HOU_1946/chp | hypothetical protein/chemotaxis inhibitory protein CHIPS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (18/13); total (18/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
CTAGCTTGTGCCTCATTTTTATCTAGATTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACTAAAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTCCCATAA > CP000730/2086755‑2087041 | cTAGCTTGTGCATCATGTTTATCTAGATTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACTaaaaa < 2:47894/148‑1 (MQ=255) gtgCCTCATTTTTATCTAGATTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACa > 2:1579/1‑148 (MQ=255) ttATATAGATTAGTTAATAGAGGAGATGCTAAAATGATTGTTAAAGTTCCCGAAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCAAATTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAA‑AAAAAAAAAAAAAAAAGTACATTAATTATTCa < 2:258644/148‑1 (MQ=255) aTTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTCTTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTCTTTTTATGACTGACT‑TAAAAAAGTACATTAATTATCCATCAACtat > 2:164354/1‑148 (MQ=255) aCTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGAtc > 2:30092/1‑148 (MQ=255) aGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGAtcttc < 1:179561/148‑1 (MQ=255) aGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAAAtcttc > 2:133286/1‑148 (MQ=255) aGTGGNGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGAATTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑NAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGAtcttc < 1:72797/148‑1 (MQ=255) gtggtgATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGAtcttct > 1:20604/1‑148 (MQ=255) taTGCTAAAACTATTGCTAAAGTGCCCTCAATTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTAGTCGCCTTAGGAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCttatta < 1:331272/147‑1 (MQ=255) gATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGTAT‑ATAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCttatta < 1:303871/148‑1 (MQ=255) gATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCttatta < 1:166801/148‑1 (MQ=255) cGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAAtt < 2:163047/148‑1 (MQ=255) tGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATtaata < 2:196097/148‑1 (MQ=255) gCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATtaataa > 2:395835/1‑148 (MQ=255) tAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTACAGAGCTCCTTGTATGAAATGTAAATTAATAAAt > 2:187512/1‑148 (MQ=255) cGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAAtt < 1:1579/148‑1 (MQ=255) cGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAAtt < 1:90470/148‑1 (MQ=255) cGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAAtt < 1:312170/148‑1 (MQ=255) tttCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTAtt < 1:219589/148‑1 (MQ=255) tttCATTTTTTTTTTTTTTTTGTAATTAGAACAAATTTATTTTAATTACTGACT‑AAAACAAGTAAATAAATTATTCATTAACTATATAGATTTTCTTATTAAATTAAAATTAATAAATTATAAAATTTACATATTTTATTGTAttttt > 2:84315/1‑146 (MQ=255) cTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAgg > 2:127286/1‑148 (MQ=255) aaTTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCa > 2:79416/1‑148 (MQ=255) aaTTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCa > 1:361092/1‑148 (MQ=255) aCTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATCGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATATATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGAACCGAAAt > 2:135256/1‑148 (MQ=255) aCTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAAt > 2:392484/1‑148 (MQ=255) cTAATTTATTTTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATg > 2:250521/1‑148 (MQ=255) atttatttTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCtt < 1:337822/148‑1 (MQ=255) atttatttTAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCtt > 1:185256/1‑148 (MQ=255) ttAATGACTGACT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACt > 2:137581/1‑148 (MQ=255) tgactgacT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTccc > 2:98366/1‑148 (MQ=255) tgactgacT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTccc < 1:274375/148‑1 (MQ=255) tgactgacT‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCCTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTccc > 2:358354/1‑148 (MQ=255) aagaaggacaaaacaaaATACATTAATTATTCATTAAATATATAAATCTTCTTATTAAATGAAAAATAATAACTTAGAAAATTGATATGCCTTATTTTATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTcc < 2:229819/139‑1 (MQ=255) tgact‑AAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTCCCATaa < 1:30092/148‑1 (MQ=255) | CTAGCTTGTGCCTCATTTTTATCTAGATTAGTTACTAGTGGTGATGCTAAAACGATTGCTAAAGTTCCCGCAAGTATAGATTTTCTAATTTTCATTTTTTATTCTCCTTAGTAATTAGTACTAATTTATTTTAATGACTGACTAAAAAAAAGTACATTAATTATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCACCGAAATGCTTACCTACTTCCCATAA > CP000730/2086755‑2087041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |