| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 51,334 | (G)7→8 | coding (36/1092 nt) | USA300HOU_0043 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 51,327 | 1 | . | G | 97.7% | 144.9 / ‑1.7 | 43 | coding (29/1092 nt) | USA300HOU_0043 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (27/15); total (28/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
TGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑GGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGATTTAAATGAA > CP000730/51180‑51466 | tgctgcTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGa > 2:371691/1‑148 (MQ=255) tgctTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑ggg < 1:60543/148‑1 (MQ=255) ttAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAAAAAAAAATGGGGA‑gggggg < 2:163450/148‑1 (MQ=255) ttAGATTTCTTATTAATTTAAAAAATCCTCAAAAAATTTTTAAGGGGTCAATAAATATCAAAAAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAAAAAGCATAAATGAAGCATTATGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGGGA‑gggggg < 2:180840/148‑1 (MQ=255) aGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑gggggggg < 1:60274/148‑2 (MQ=255) tttCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGTAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑ggggggggtat > 1:201893/1‑144 (MQ=255) tttCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑ggggggagtat > 2:356976/1‑143 (MQ=255) ttATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTatatat > 1:89296/1‑148 (MQ=255) tCATTTTAATATTCCTTCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGAt < 2:404274/148‑1 (MQ=255) ttttAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTTTATATTGATAcc > 2:19175/1‑148 (MQ=255) ttttAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATAcc > 1:132458/1‑148 (MQ=255) cAATAATTTTTAAGGAGTAAATAAATATCATATAGGTTAAACTAGCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAAGGAAGCATTATGATTAGAAAAAAAAAAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGaaa < 2:236207/148‑1 (MQ=255) taatTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑GGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAattat > 1:250354/1‑148 (MQ=255) atTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAattatt > 2:242749/1‑148 (MQ=255) aatcactAACATATGAATTAAATAATCTTAACGTGAAAGCTAAAATAAGCAAAAATGAAGAATTATGATTAGACCTGAAACAAAAAATGAGGAGGGGGGGGTATATACTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGaag < 2:268378/148‑2 (MQ=255) gTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTg > 1:249390/1‑148 (MQ=255) ttAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGa > 1:272631/1‑148 (MQ=255) ttAAACTAACTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGa < 2:8298/148‑1 (MQ=255) tAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTCTGATTCTTCGCGGAAGGAAAAATGGGGAGGGGGGGGGATAAATTGATACATACGCTAGACGAACTTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATAATTTGaa > 2:408010/1‑148 (MQ=255) tAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGaa > 1:61888/1‑148 (MQ=255) tAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGAGTATACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGaa > 1:303742/1‑148 (MQ=255) tAAACTATCATCAACGTATTGCTATAATAAGCCTAAATGAAGCGTTATGCTTAGACGCGGAACTAGAAATGGGGAGGGGGGGGAATATATTGATACCTACGCTAGCATAACTTATTGATGAGTATGTACCCTTAGCTGAATATTTgca > 2:408044/1‑146 (MQ=255) cTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAAttt > 1:257145/1‑148 (MQ=255) ttCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGt < 2:79932/148‑1 (MQ=255) ttCAATTGATTGATATAATAAGCATAAAGGAAGCATTATGATTAAAAGAAGAAAAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGt < 2:381542/148‑1 (MQ=255) tgcaatcggatggcataataAGCTTAAGTGGTGTATTATTATTAAAAAAAAAAAAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGt < 2:163620/134‑1 (MQ=255) ttgattgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAg > 1:20255/1‑148 (MQ=255) ttgattgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGGATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGACTATTTGAAATTTGATGTAACAg > 2:307536/1‑148 (MQ=255) tgattgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGt > 1:318777/1‑148 (MQ=255) tgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAg > 1:234398/1‑148 (MQ=255) tgCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAg > 2:154521/1‑148 (MQ=255) acTATAATAAGAATAAATGAAGCATTATGATTAGAAAAAAAAAAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAgg < 2:205350/147‑1 (MQ=255) tataATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGtt > 1:368999/1‑148 (MQ=255) tataATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGtt > 1:295161/1‑148 (MQ=255) tataATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATGATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGCTGTAACAGTTGAGGtt > 1:369008/1‑148 (MQ=255) ataataAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGttt < 2:28868/148‑1 (MQ=255) ataataAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGttt < 2:28797/148‑1 (MQ=255) taataaGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTa > 2:46456/1‑148 (MQ=255) taataaGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGCATATATTGATACCTACGCGAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGAGTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTa > 2:178030/1‑148 (MQ=255) tGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATttgttg > 1:165833/1‑148 (MQ=255) gAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTtgttgt < 1:277149/148‑1 (MQ=255) aGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGtta < 1:154356/148‑1 (MQ=255) aGCATTATAATTAGTCGCGAAAAAAAAAAGGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGtta < 1:175052/148‑1 (MQ=255) tATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTaag < 1:242749/148‑1 (MQ=255) tAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGttt > 1:43151/1‑148 (MQ=255) tAGACGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGttt > 1:78545/1‑148 (MQ=255) aCGCGGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAg < 2:89296/148‑1 (MQ=255) cgcgGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGc > 1:407583/1‑148 (MQ=255) cgGAACAAAAAATGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGGTTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGa > 2:105852/1‑148 (MQ=255) aaTGGGGAGGGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGATTTAAATGaa > 1:228989/1‑148 (MQ=255) | TGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑GGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGATTTAAATGAA > CP000730/51180‑51466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |