| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,078,573 | (T)7→8 | coding (246/681 nt) | USA300HOU_1935 ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,078,566 | 1 | . | T | 93.1% | 88.8 / 1.1 | 29 | coding (253/681 nt) | USA300HOU_1935 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base T (13/14); total (14/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TGACAAATGCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTG‑TTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAGATTGCA > CP000730/2078431‑2078697 | tGACAAATGCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTG‑ttttttttgaca < 1:29016/148‑6 (MQ=255) atatGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACt < 2:291975/148‑1 (MQ=255) atatGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACt < 2:401622/148‑1 (MQ=255) tatGGAGTGGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGAATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTATAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTc < 2:78523/148‑1 (MQ=255) atGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAATCTCa < 2:40861/148‑1 (MQ=255) atGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCa < 2:23189/148‑1 (MQ=255) tGCAGTTGACAAATAGATTGACTTTGGTTCGATCCCATCTGCTTCATAAGCCTATCAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTTAAACCATGCCAGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAGACTCat < 2:208302/148‑1 (MQ=255) ttGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATaaa > 1:146595/1‑148 (MQ=255) ttGAAAAATAGATTGAATATAGATCAATCACATATGCTTTATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAAGATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTACCCTAAtataca > 2:288984/1‑146 (MQ=255) aTAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCACTTAATGTTAAACCAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTG‑TTTTTTTTCGACACTGGTAAACTCATATAAAaataat > 2:62366/1‑148 (MQ=255) aTAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAataata > 2:325997/1‑148 (MQ=255) tGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATc > 1:410732/1‑148 (MQ=255) tGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATc < 2:111155/148‑1 (MQ=255) gAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCa > 2:176835/1‑148 (MQ=255) aaTTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCAt > 2:121951/1‑148 (MQ=255) cacaTCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCt < 2:196375/148‑1 (MQ=255) cacaTCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAACAATATGAATCATTACCACCTAATCt > 2:100982/1‑148 (MQ=255) aaGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATAAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTTTaa > 2:331934/1‑148 (MQ=255) aCTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGAcc > 1:98809/1‑148 (MQ=255) aataaAAAGCGTTCCAATTAATATTAAAACAAAGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGc < 2:128974/148‑1 (MQ=255) aaGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTaa < 1:81689/148‑1 (MQ=255) cGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAAt < 1:287666/148‑1 (MQ=255) aTGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGa < 2:250944/148‑1 (MQ=255) gCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑TTTTTTTTTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCATCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAATTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTTGACt > 2:117548/1‑148 (MQ=255) gTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTtata > 1:21199/1‑148 (MQ=255) tataGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑TTTTTTTTTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAg > 2:274030/1‑148 (MQ=255) tataGTTGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAg < 1:325997/148‑1 (MQ=255) ataGTTGGCATTAAGCAATTG‑TTTTTTTTCGACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAg < 1:62366/148‑1 (MQ=255) tGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAGATTGCa < 1:176835/148‑1 (MQ=255) tGGCATTAAGCAATTGTTTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCAAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAGATTGCa > 1:261429/1‑148 (MQ=255) | TGACAAATGCATATGCAGTTGAAAAATAGATTGAATTTGGTTCAATCACATCTGCTTCATAAGCATATAAACTAATAACAAGCGTTCCAATTAATGTTAAAACAATGCATGTAATATAGTTGGCATTAAGCAATTG‑TTTTTTT‑‑GACACTGGTAAACTCATATAAAAATAATATGAATCATTACCACCTAATCTACGATTGAGTCTAAATAAGTGACCAGCATCTAAAATCCAAATAATCAATATTGTTGGACTTATAAAAGATTGCA > CP000730/2078431‑2078697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |