| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,613,762 | T→C | intergenic (‑31/‑37) | scpA ← / → USA300HOU_1497 | possible segregation and condensation protein A/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,613,762 | 0 | T | C | 96.5% | 94.1 / NA | 29 | intergenic (‑31/‑37) | scpA/USA300HOU_1497 | possible segregation and condensation protein A/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (17/11); total (18/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCAAATTTTTGGATAAGATGCAGCAATAAATCTAATGGTCCATTGAAAGCATCTAATTTAACTTCATACATAATATCTACCTCGTATTGCGTCATATGTGCATAATTCTCTAAAATATTATAGCATGAAAATAACTTACTTTTAAATTGGGGTGATAACAAAATGCAACAGGCACTGATAAATTTCTATTATCAATTTCATACTAAGCAACATTATTTCCTATGTCATGACATTTTAGAAGATGCATGGAAAGCTGAAAAT > CP000730/1613637‑1613897 | tCAAATTTTTGGATAAGATGCAGCAATAAATCTAATGGTCCATTGAAAGCATCTAATTTAACTTCATACATAATATCTACCTCGTATTGCGTCATATGTGCATAATTCTCTAAAATATTATAGCACGAAAATAACTTACTTTTAAAtt > 1:49225/1‑148 (MQ=255)tCAAATTTTTGGATAAGATGCAGCAATAAATCTAATGGTCCATTGAAAGCATCTAATTTAACTTCATACATAATATCTACCTCGTATTGCGTCATATGTGCATAATTCTCTAAAATATTATAGCACGAAAATAACTTACTTTTAAAtt > 1:283981/1‑148 (MQ=255) aaaTTTTTGGATAAGATGCAGCAATAAATCTAATGGTCCATTGAAAGCATCTAATTTAACTTCATACATAATATCTACCTCGTATTGCGTCATATGTGCATAATTCTCTAAAATATTATAGCACGAAAATAACTTACTTTTAAATTgg > 1:292643/1‑148 (MQ=255) gATAAGATGCAGCAATAAATCTAATGGTCCATTGAAAGCATCTAATTTAACTTCATACATAATATCTACCTCGTATTGCGTCATATGTGCATAATTCTCTAAAATATTATAGCACGAAAATAACTTACTTTTAAATTGGGGTGATAAc < 1:238875/148‑1 (MQ=255) 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TCAAATTTTTGGATAAGATGCAGCAATAAATCTAATGGTCCATTGAAAGCATCTAATTTAACTTCATACATAATATCTACCTCGTATTGCGTCATATGTGCATAATTCTCTAAAATATTATAGCATGAAAATAACTTACTTTTAAATTGGGGTGATAACAAAATGCAACAGGCACTGATAAATTTCTATTATCAATTTCATACTAAGCAACATTATTTCCTATGTCATGACATTTTAGAAGATGCATGGAAAGCTGAAAAT > CP000730/1613637‑1613897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |