| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 102 (1.150) | 66 (1.080) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
48/180 | NT | 48.4% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > CP000730/1998138‑1998417 | aCTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCACTTGAGCTACGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTa > 1:252743/1‑141 (MQ=25)aCTGATGACATGTCAGTTGCCCTACCGACTGAGCGAGGCCGGC‑AATGTGTAAGAATACATGGTGGAGAAGGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTa < 2:799738/141‑1 (MQ=11) tACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGCTTTAAAACtc > 2:353320/1‑140 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGCTTTAAAACTGCCt > 2:343096/1‑141 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt > 1:84020/1‑141 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGCGGAGAACGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTg < 2:376812/141‑1 (MQ=255) gttaGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCGGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGGCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAGGGCGGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAGAACTGCCTgt > 2:647222/4‑140 (MQ=14) tgaGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGACGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAATACTGCCTGGc < 1:778194/139‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAACTAGGCCCGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc < 2:430135/141‑1 (MQ=255) gttgtgcgtcagcAATTGAGCTA‑GCTGTCTAACATGGAAGAATAAATGGTGGAGAACGACAAGATCGAAAGGGCGACACTATACTAATAAGTGAGATACCTACCCAGCTGAGCTAATTCTCCGACTTAAACCTGCCTGGCa > 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ccACTTGGGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGGATGACGGGTTCGCACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGCTGCTCTCCCAGCTGANCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTGCTActc < 2:537413/141‑1 (MQ=17) ccAATTGAGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGGGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTCAAACTGCCTGGCGAAGTTCTActc > 2:558594/1‑141 (MQ=255) gAGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCgg < 2:327251/141‑1 (MQ=255) aGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAACGACGGGCAAGACAAGACAACCCAATGATCGTAAGGCACATGTACTGCATGCTGAGCTAATTCACTGAGTTAAAACTGCCTCGCAACGTTCTACTCTAGCggg > 2:616392/1‑140 (MQ=12) gCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa > 1:233854/1‑141 (MQ=255) gCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCGCGGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTGCTACTCTAGCGGaa > 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aGGCCGGC‑AAGATGTAAGAATAAATGGTGGGGAGTGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt < 2:510808/141‑1 (MQ=255) gCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTGCAAACTGCCTGGCCACGTTCTACTCTAGCGGAACGTaa > 2:556119/1‑141 (MQ=255) ggC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTGCGAACCGCCGACCCTCTGCTGGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAAATAAGTATCGGAGTTAAAACTGCCTGGCCACGTTCTACTCTAGCGGGACGTAGGtt > 2:962592/1‑141 (MQ=17) c‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTAGAAACGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGCGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGGCTGCCAAAGTTCTACTCCAGCGGCACGTAAGTTCg > 2:477005/1‑141 (MQ=17) atatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc < 1:311890/141‑1 (MQ=255) atatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc < 1:298309/141‑1 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tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGGGCTGAAc > 2:648592/1‑141 (MQ=255) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTGAAc > 2:790008/1‑141 (MQ=255) tGACGGGTTCAAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCAGGCTACGTGCGACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc > 1:770217/1‑141 (MQ=17) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACt < 1:230867/141‑1 (MQ=255) ttCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg < 2:448032/141‑1 (MQ=255) tCGAACCGCCGACCCTCGGCTTTTAAGCCCGCTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCTGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACttaaacgt < 2:973862/141‑7 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ccccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 1:287755/140‑1 (MQ=255) cccAGCTGCGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCACCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCa < 1:109209/141‑1 (MQ=255) ccAGCTGAGCTAAGTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAc < 1:477005/141‑1 (MQ=255) aGCTGAGCTAATTCGCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCa < 2:935946/141‑1 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg > 2:457574/1‑141 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTGCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCGTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCACTAGTCACCAg > 2:825788/1‑141 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:434031/141‑1 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:940393/141‑1 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:773355/141‑1 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:501731/141‑1 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa > 1:1023579/1‑141 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTCAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:707544/141‑1 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCGAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:279883/141‑1 (MQ=255) gAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACAAGACa > 1:577984/1‑141 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTTGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTACCTGCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat < 1:2088/141‑1 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGGACGTAAGTTCGACTAACATCGACGCTAAGGAGCTTAACATCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACGTGCTTGCTATGGTCGCCTGACatat > 2:206985/1‑141 (MQ=14) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat > 2:47460/1‑141 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGGGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGa > 2:665167/1‑141 (MQ=255) ttCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAt < 1:847794/141‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAATCTGCCTGGCAACGTCCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACACTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATg < 1:652049/141‑1 (MQ=255) tcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTa > 1:800256/1‑141 (MQ=40) cGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 2:741316/141‑1 (MQ=38) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTACTTtata > 2:271033/1‑141 (MQ=21) | ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGC‑AATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > CP000730/1998138‑1998417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |