| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,516 | C→A | 26.1% | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,516 | 0 | C | A | 26.1% | 227.2 / 73.1 | 120 | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/42); new base A (10/21); total (57/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGA > CP000730/111378‑111655 | gAGGAAGTAAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATAGAATCCGGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTaaa > 2:1014189/1‑141 (MQ=21) aGGAAGTTAAAGTAGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAATACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAATATGGAGGTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 2:204052/141‑1 (MQ=21) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 1:608534/141‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCtata < 2:388075/141‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTGTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCacaa < 2:11471/141‑4 (MQ=255) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATGATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCGATATCa > 2:757372/1‑141 (MQ=18) gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCGTATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCaa < 2:788060/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 2:417314/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 2:246128/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 2:88411/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGGTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 2:214075/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAACCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAtt < 1:573054/141‑1 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTa < 1:1028286/141‑1 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa < 2:621910/141‑1 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa < 2:876126/141‑1 (MQ=255) agaagtAAACATAACAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAAc < 1:266582/141‑1 (MQ=255) agaagaAAACATAAAAAAAGAAATTGAAAACTTGAAGTTTTTTGCGCAATATAGAAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGTAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAAc < 1:1044008/141‑1 (MQ=17) agaagaAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCCATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTGATTCGGCTAAATATCAATTAAc < 2:917896/141‑1 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 2:463258/141‑1 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACt < 1:663908/141‑1 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACt > 1:567985/1‑141 (MQ=255) aaaaacataaaaacataAATCGAAAACTTTAAGTTTGCTGTTCAATATAGTAATGTGAAAGAATAAATGAATTTTATAGATGTAGATATATCATATAATCCAGAGCTGCCGTATTATTCAGCTCAATATCAATtaattaat < 2:364507/140‑1 (MQ=19) aaaaaaaaaaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAat < 2:1038318/140‑1 (MQ=255) aaaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat < 1:1020392/140‑1 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg > 1:703625/1‑141 (MQ=255) cATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCAAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga > 2:291947/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAtt > 1:183343/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATta > 1:760637/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGCAATGCAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGTTTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAGTAACTAATGTTGATtag < 2:298738/141‑2 (MQ=21) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCTATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCATAGGTACCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtat > 1:758514/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGAAAACAAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:383367/141‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtata < 2:130895/141‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa < 1:622077/141‑1 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCCTATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt > 2:761654/1‑141 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTCTGCGTAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGCTTATAAt > 2:440501/1‑141 (MQ=17) aGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt < 2:515134/141‑1 (MQ=255) aattCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATGCAGAGGTTCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:461559/138‑1 (MQ=17) aaaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:461343/141‑1 (MQ=255) aaaGCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCACTATCATTTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 2:486942/141‑1 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa > 2:142564/1‑141 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACAAATGGTGATTATAATTTAAAAc > 2:23623/1‑141 (MQ=18) cGAAAACTCTAAATTTTTTGCGCAATATAGCAATTTCAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACCAATGATGATTATAATGTAAAACa < 1:883641/141‑1 (MQ=17) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt > 2:545933/1‑141 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:141911/141‑1 (MQ=255) ttAAATTTGGTGCGCAAGATAGAAATTTTAAAGATTAAATGAAGTATAAAGATCGACGTAGATCATATAATTCAGATCTGCC‑AGTTATTCGGCTAAATATCAATTGACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAATTACGCaa < 2:446842/141‑1 (MQ=9) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCTATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa‑a < 1:158206/141‑1 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa‑aa > 2:341873/1‑141 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa‑aa > 2:342013/1‑141 (MQ=255) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTAAGAAGCTGGAGATATATCATATAATCCAGAAGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGat < 2:323694/141‑1 (MQ=17) ttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGata < 2:915762/141‑1 (MQ=255) ttttGCCCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGCTATAGCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTACAACAATTAAGTAA‑AAGata > 2:668287/1‑141 (MQ=21) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATGa < 2:188817/141‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACa > 2:332133/1‑141 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACa < 2:798314/141‑1 (MQ=255) gccatatAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTATGTAA‑AAGATATGACAt < 1:526655/138‑1 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACAt < 1:758401/141‑1 (MQ=255) cAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATGAtata < 1:25600/141‑1 (MQ=14) cAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATa < 2:62395/141‑1 (MQ=255) aaTATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATGATATAc < 2:605969/141‑1 (MQ=14) tataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGCGGTGCCATGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACca < 1:1043017/141‑1 (MQ=255) tagaGCAATTGTAAAGACTTAATGAAGTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACca < 2:680394/138‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACaaa < 1:921397/141‑1 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATaaa > 1:811906/1‑141 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGAGATGACATACCAACAAATaaa > 1:645987/1‑141 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAACTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATaaa < 1:761654/141‑1 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGAAATACCAACAAATAAAgcg > 2:60217/1‑141 (MQ=255) aGATTTAAGGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGcc < 2:522904/141‑1 (MQ=255) gagttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCg < 1:159677/138‑1 (MQ=255) gATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATTCCAACAAATAAAGCGCCg > 1:633993/1‑141 (MQ=255) aaTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACACATAAAGCGCCGAAGCt < 1:89250/141‑1 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg > 2:1048196/1‑141 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt < 2:8740/141‑1 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt > 2:104189/1‑141 (MQ=255) aaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGctgctg > 1:169855/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttg < 1:486636/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACTTAA‑AAGATATGAAATACCAACAATTAAAGAGACGAGGAtgatgt > 2:700453/1‑141 (MQ=17) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:664874/1‑141 (MQ=255) aaGATGGAGATATAGCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAAATCAATAACAAGTAACTAATGATGATTATAATGTACAAAAATTACGTAA‑AAGATATGACATAACTACAAAGAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:433744/1‑141 (MQ=17) tGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTAc < 2:886209/141‑1 (MQ=255) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg > 1:214207/1‑141 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg > 1:253722/1‑141 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg > 1:658539/1‑141 (MQ=255) gataaCATATAAGCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCGCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGaa < 2:434130/140‑1 (MQ=255) atCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATTATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAttt < 2:366067/141‑1 (MQ=255) atCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAttt < 1:433113/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt > 1:36867/1‑141 (MQ=255) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGCTGATTAAAATGAAAAACAATTACGTAATACTGAATCACGT‑GGGACGAGAAAATCTCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc > 2:747909/1‑141 (MQ=9) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc > 1:258155/1‑141 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGCTATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTATTGAAAGGCACAGGGAATTTAAAAGGTtca > 2:55609/1‑141 (MQ=255) cAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcat < 1:86518/141‑1 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTAAAAAGGTtcatca > 2:816715/1‑141 (MQ=255) agGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAg > 2:848749/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:62889/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGATTCATCAGtg > 1:102532/1‑140 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATATAAAAGGTTCATCAGtt > 2:820166/1‑141 (MQ=255) gTGCAGAGTTATTCACGTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt < 2:664541/141‑1 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAACAGGTtcatacgatgcac > 2:201541/1‑132 (MQ=255) aTTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaa > 1:636774/1‑141 (MQ=255) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGATGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaa > 1:500972/1‑141 (MQ=255) tCAATATCAATTAACTAATGGTGATTATGATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATAAGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGa > 1:686950/1‑141 (MQ=255) | GAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGA > CP000730/111378‑111655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |