| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 405,184 | C→A | 5.5% | W61L (TGG→TTG) | ltrA ← | possible bacterial low temperature requirement protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 405,184 | 0 | C | A | 5.5% | 305.0 / 4.3 | 100 | W61L (TGG→TTG) | ltrA | possible bacterial low temperature requirement protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/42); new base A (3/3); total (55/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AGAATGTCTTTTCAAAGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTAAATCAAAGAACAACTCATGGAATCCTGCA > CP000730/405044‑405324 | agaaTGTCTTTTCAAAGTCCGGATATGGGCTGTTAGATAGGAAGACGATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCCGATTTAcc > 2:403361/1‑141 (MQ=255) gaaTGTCTTTTCAAAGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCa > 1:958627/1‑141 (MQ=255) gTCTTTTCAAAGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATaaa > 2:165130/1‑140 (MQ=255) tCTTTTCAAAGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATAAGa < 2:898043/141‑1 (MQ=255) cTTTTCAAAGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATAAGaa < 2:866931/141‑1 (MQ=255) ttttCAAAGTCCGGATATAGGCTGTTAGATGGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATAAGAAc > 1:876850/1‑141 (MQ=255) ttCAAAGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATAAGAACaa > 2:666246/1‑141 (MQ=255) tCAAAGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATAAGAACaaa > 1:584864/1‑141 (MQ=255) aaaGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATAAGAACAAAcc > 1:423307/1‑140 (MQ=255) aaGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATAAGAACAAACTc > 1:229651/1‑141 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tttGATGAGACCACATTAACAATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTAAATCAAAGa < 2:1056642/141‑1 (MQ=255) tgatgaGACCACATTAACCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTAAATCAAAGaac > 1:652644/1‑141 (MQ=255) atgaGACCACATTAACCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCCTAGACGAATGTTAAATCAAAGaacaa < 2:229651/141‑1 (MQ=255) aCCACATTAACCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTTAAAAATAAATCCGCTGAAATGGAACCGTGTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTAAATCAAAGAACAACTCAt < 2:316474/141‑1 (MQ=255) cacaTTAACCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTTAATCAAAGAACAACTCATgg < 1:643577/141‑1 (MQ=255) acaTTAACCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGATTTTTATTGACGAAAAGTAAAGCAAAGGACAACTCATGGa > 2:206513/1‑141 (MQ=255) aaCCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTCTTGTGTGGTTAAAATCACATGGGCAATTTTTTGAGTGGCATAGACGAAAAGTAAATCAAAGAGCAACTGAGGGAAGCCt > 1:801175/1‑141 (MQ=255) aaCCATAAGAACAAACACATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTAAATCAAAGAACAACTCATGGAATCCt > 2:230106/1‑141 (MQ=255) aCCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTAAATCAAAGAACAACTCATGGAATCCTg > 1:736001/1‑141 (MQ=255) aCCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTAAATCAAAGAACAACTCATGGAATCCTg > 1:80763/1‑141 (MQ=255) cATAAGAACAAACTTATGAACATGTATTTGAAAAATAAATCATCTGAAATTGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTAAATCAAAGAACAACTCATGGAATCCTGCa < 2:304878/141‑1 (MQ=255) | AGAATGTCTTTTCAAAGTCCGGATATAGGCTGTTAGATAGGAAGACCATGATGAACATATTAAACATCATAAACGAGACGTCTTTGAATGTAACTTGACCAAATCGATTTGTAAAAAATGTTTGATGAGACCACATTAACCATAAGAACAAACTCATGACGATGTATTTGAAAAATAAATCAGCTGAAATGGAACCGTTTTGTGTTGTTAAAATCACATGTGCAATTTTTTGAATGGCATAGACGAAAATTAAATCAAAGAACAACTCATGGAATCCTGCA > CP000730/405044‑405324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |