| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 602,466 | G→T | 9.2% | intergenic (+56/‑101) | hchA → / → araB | possible hydrolase/ribulokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 602,466 | 0 | G | T | 9.2% | 233.9 / 4.1 | 91 | intergenic (+56/‑101) | hchA/araB | possible hydrolase/ribulokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/49); new base T (7/2); total (39/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCTT > CP000730/602330‑602606 | aCAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCaa < 1:960300/141‑1 (MQ=255)aCAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCaa > 2:52966/1‑141 (MQ=255)aCAGGATACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCTGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGTCaa < 2:545035/141‑1 (MQ=255) cAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGTCaaa > 2:434136/1‑141 (MQ=255) cAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑‑TTTTTTTTGGCaaaa > 2:17012/1‑141 (MQ=255) tGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAAttt < 2:627163/141‑1 (MQ=255) aCAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑‑TTTTTTTTGGCAAAATCTAAg < 1:722252/141‑1 (MQ=255) cAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAg > 2:139078/1‑141 (MQ=255) ccTTTAGCTTAAAATGAGTTAGGAAAATTAACAATTAATGAAATGTTAAATGAAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATTTATGAGGTCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGAt < 2:76347/141‑1 (MQ=255) actatAGCTTAAAAAGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGATGACCCGCAAATGTAAACGTATTATGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGGGAt < 2:798415/137‑1 (MQ=255) tAGCTTCAAATGAGGTAGGAAAATTAGCCGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACtt < 2:934789/141‑1 (MQ=255) atcTTCAAATGATTTAGAAAAATTAGCTGTTAATGAAATGTTAAAAGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGTCAAAATTTAAGTGATACTTg < 2:981465/139‑1 (MQ=255) aGCTTCAAATGAGCTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTg < 2:763358/141‑1 (MQ=255) gCTTAAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAATTGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGt < 1:696234/141‑1 (MQ=255) gCTTAAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGt < 2:63222/141‑1 (MQ=255) 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> 2:978468/1‑141 (MQ=255) aaGCAGATAATGAAACATTAAACACACAACAAAACAAATAATTAAA‑TATAAATT‑AGAGGAACCTAATATGTAAATGAATGAGAGCTC‑TCTTTTTTTCGCAAAATTTAAGTGATACTTGTATAATAGAACCTATTATGAGTa < 1:645050/140‑1 (MQ=255) agtaGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCATAGTTTAACTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGACTAt > 2:145290/4‑141 (MQ=255) aGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TACTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTACATGTCTGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTACAATAGCACCTATTATAGGTAt > 1:1011428/1‑141 (MQ=255) cAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGa > 1:938967/1‑141 (MQ=255) cAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGa > 2:938517/1‑141 (MQ=255) 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2:264744/141‑1 (MQ=255) aTACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACt < 2:499336/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaaATTAAA‑AATTAATT‑AAAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGAGCTC‑GTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACta < 2:526625/138‑1 (MQ=255) aaataaatAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTTGCAAAATTTAAGTGATACCTGGAAAATAGAACCTATTCTGATTATGATTTAAGAAACCGCTTGccaccctaacac > 2:461145/1‑130 (MQ=255) aataaataATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAAc > 1:849119/1‑141 (MQ=255) taaataaTTAAA‑TATTAATA‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTATTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTACGATTTAAGAAAACGCTTGCATAACTAATAAcac > 2:593747/1‑139 (MQ=255) 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2:75393/1‑141 (MQ=255) tttttttttGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATg < 2:849345/141‑1 (MQ=255) ttttttttGGCAGAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGGGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATCGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATgg > 1:750705/1‑141 (MQ=255) ttttttttGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATgg > 1:312424/1‑141 (MQ=255) tttttatGACAAAAATTAAGTGAAAATTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAAATAATAACCGCAACTAGTGATATGGAGGAAACATGATGTCTTACAGCACTGGAATTGATTATGGa < 1:544683/141‑1 (MQ=255) ggCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCtt > 1:224115/1‑141 (MQ=255) | ACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCTT > CP000730/602330‑602606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |