| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,222,687 | G→A | G298D (GGT→GAT) | rpoZ → | bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate‑‑cysteine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,222,687 | 0 | G | A | 97.8% | 143.4 / ‑3.8 | 45 | G298D (GGT→GAT) | rpoZ | bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate‑‑cysteine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (19/25); total (20/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
TCATGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGGTGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCAAG > CP000730/1222550‑1222823 | gcATGTCTAAAGCGCTGAAGAAATGTCTGAACAAGTGACAAGCTGATTTGACGATCAAGACATTGTTGTCAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGAtgatga < 1:887140/140‑1 (MQ=255) cATGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGgatgatgat > 1:905012/1‑141 (MQ=255) tCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTc < 1:755459/141‑1 (MQ=255) cAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCa < 1:897795/141‑1 (MQ=255) aaGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGt > 1:254136/1‑141 (MQ=255) gCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCt < 1:108893/141‑1 (MQ=255) gCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCt < 1:852839/141‑1 (MQ=255) cTGAAGAAATGTTTGAACAAGGGACAAGCCGATTTGACGAACAAGAGATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCtt < 1:119246/141‑1 (MQ=255) tGAAGAAATGTCTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACTCCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCttt < 1:108456/141‑1 (MQ=255) aaaTGTTTGAACAAGTGACAAGCCAATTTGACCAACAAGATTTTGTTGTAAAAGCAGCAGCTGTATCTGACTATACACCGGTTGATCTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCACGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAAc < 1:599169/141‑1 (MQ=255) tGAACAAGTGCCAAGCCTATTTGACGAACAAGATACTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTACCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTGGTCAGTATTTTTTAAACGTACTaa < 1:212773/141‑1 (MQ=255) tGAACAAGTGCCAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTaa < 1:395908/141‑1 (MQ=255) cAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGAc < 1:30037/141‑1 (MQ=255) gCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAat < 1:849550/141‑1 (MQ=255) ctaTTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAatat < 1:180209/139‑1 (MQ=255) ccaTTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAatat < 1:378514/139‑1 (MQ=255) cGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAatat < 1:503654/141‑1 (MQ=255) cGACTTGACAAACAAGATATTGTCGTAAAAGCAGCAGCCGTAGCTGACGATACACCGGGTGATGTATTAGCACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTGGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAatat < 1:495741/141‑1 (MQ=255) gATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATAtt > 1:72526/1‑141 (MQ=255) tttGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACCCCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTa > 1:17692/1‑141 (MQ=255) tGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAgg > 1:661202/1‑141 (MQ=255) tGACGAACAAGATACTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAgg < 1:644854/141‑1 (MQ=255) aGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATaa < 1:67505/141‑1 (MQ=255) gttgtAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATATTTTAATTGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATca < 1:179212/141‑1 (MQ=255) cagcCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAg < 1:326468/141‑1 (MQ=255) cagcCGTATCTGACGATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAg < 1:434822/141‑1 (MQ=255) agcCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAgg < 1:428462/141‑1 (MQ=255) ccGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCt > 1:324107/1‑141 (MQ=255) cGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCCCAGTATTTAATAGGCtt > 1:811635/1‑141 (MQ=255) cGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGGGAACATAAAACATCCCAGTATTTAATAGGCtt > 1:811629/1‑141 (MQ=255) acacCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACt > 1:905349/1‑141 (MQ=255) ccGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGaa < 1:389583/141‑1 (MQ=255) gATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGaacgtctt > 1:311028/1‑135 (MQ=255) gATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATAtt > 1:702943/1‑141 (MQ=255) gATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATAtt > 1:702861/1‑141 (MQ=255) gATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAAAGTACTAAAGACATTCTTAAAGATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATAtt < 1:728215/141‑1 (MQ=255) aTGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTg > 1:181957/1‑141 (MQ=255) aTGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTg > 1:542566/1‑141 (MQ=255) tGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGa > 1:584981/1‑141 (MQ=255) aCATAAGATGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACGGAAGATATTGAAAATTATGc > 1:604308/1‑141 (MQ=255) aTAAGATAAAAAAGCAGGATGGTGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTCTTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGAAATTGACAATTATGcac > 1:585887/1‑141 (MQ=255) tGAAAAAGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACaaa > 1:164763/1‑141 (MQ=255) aGCAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTaa > 1:810876/1‑140 (MQ=255) cAGGATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATGATGCACAACAAAAATTACGc > 1:882601/1‑141 (MQ=255) aGGATGATGATTTGTCAGTATCCTTTAAACGTACTCAAGACCTTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCGTTGTGGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCa < 1:309102/141‑1 (MQ=255) ggATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTGTTTCATAGTCATGGCAGTAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCaa > 1:257568/1‑141 (MQ=255) ggATGATGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCaa < 1:923030/141‑1 (MQ=255) gatgatgatTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCAAg > 1:881773/1‑141 (MQ=255) | TCATGTTCAAAGTGCTGAAGAAATGTTTGAACAAGTGACAAGCCGATTTGACGAACAAGATATTGTTGTAAAAGCAGCAGCCGTATCTGACTATACACCGGTTGATGTATTAGAACATAAGATGAAAAAGCAGGATGGTGATTTGTCAGTATCTTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTTGCAGCAGAGACTGAAGATATTGAAAATTATGCACAACAAAAATTACGCAAG > CP000730/1222550‑1222823 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |