New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 512620 =40 (1.330)23 (1.100)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
20/180 NT 45.5% intergenic (+688/‑173) recR/rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
?CP000730 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+5) USA300HOU_t0050/rrf4 tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  CP000730/512480‑512760
                                                                                                                                            |                                                                                                                                            
gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  1:291852‑M1/1‑1 (MQ=255)
 gggCCTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAACTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             <  1:247253/141‑1 (MQ=255)
   acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                           >  2:136830‑M1/138‑141 (MQ=255)
    cacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaa                                                                                                                                          <  2:103981‑M1/5‑1 (MQ=255)
    cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                          >  1:346215/1‑141 (MQ=255)
     acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggcagtgacgctgacgttcagacacagtagaacgttgccaggccgtattttaatcaagttttgtttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAg                                                                                                                                         <  1:80799‑M1/6‑1 (MQ=255)
      ttCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGt                                                                                                                                        >  1:204098/1‑141 (MQ=255)
           tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctggagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatgaaatggacaagataaAAAAAGTTCTTg                                                                                                                                   <  2:2495‑M1/12‑1 (MQ=255)
            cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagcagaacgttgccaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagctaaaaaaagtgataga                                                                                                                                  <  2:259399‑M1/13‑7 (MQ=255)
             aaGATGACAAATGTGTAATTGTTACTGGTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                 <  2:238943/140‑1 (MQ=255)
              catgccgaacacagaagttaagctccttagcgacgatggtagtcgaacttccgttccgcaagagtagaacgttgccaagcagtgttttaatcacatgttggttaaaaaagaaaatgcacaagataaAAaaagttagtggcc                                                                                                                                <  2:181813‑M1/15‑7 (MQ=255)
               atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttaggttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                               >  2:235678‑M1/126‑141 (MQ=255)
               atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                               >  1:181490‑M1/126‑141 (MQ=255)
                tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                              <  1:119656‑M1/17‑1 (MQ=255)
                  gACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTaaa                                                                                                                            <  1:41361/141‑1 (MQ=255)
                     agcacagaagttaagctgcttagcgtcgatggtagtcgaacttaggttcggctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaagaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                         >  2:322217‑M1/120‑141 (MQ=255)
                      aaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTGCTAACGAAAAAAAAATATAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                        <  2:33571/141‑1 (MQ=255)
                        gctgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                      <  1:110442/139‑1 (MQ=255)
                             agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttcagctagagtcgaacgttgccaggcagttttttaatcaacttttggttaaaaaataacatggacaagataaAAATGGTTAGTGACTTCAAtgttgatacaa                                                                                                                 <  1:236272‑M1/30‑4 (MQ=255)
                                  agctccctagcgtccatggtactaaaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                            >  1:92265‑M1/107‑141 (MQ=255)
                                      tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                        >  2:64295/1‑141 (MQ=255)
                                      ccccagtgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                        >  1:29997‑M1/103‑141 (MQ=255)
                                          agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt                                                                                                    >  2:107826‑M1/99‑141 (MQ=255)
                                            cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTataattaatttt                                                                                                  <  1:59974‑M1/45‑3 (MQ=255)
                                            cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                  >  2:80799‑M1/97‑141 (MQ=255)
                                                   tttAAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                           <  2:151513/141‑1 (MQ=255)
                                                   gatagtcaaacttacgttccagtagagtagaactttgccaggcagttttttaatcaaattttagttaaaaaataaaatgaacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTtgtcaat                                                                                           >  2:59974‑M1/90‑138 (MQ=255)
                                                       aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                       >  1:153764/1‑141 (MQ=255)
                                                        aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                      >  1:7762/1‑141 (MQ=255)
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                                                             tataaaGTATTTAATTAATGAGCCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                 <  1:109234/136‑1 (MQ=255)
                                                             tGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                 <  2:345607/141‑1 (MQ=255)
                                                             cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                 <  2:298893‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                                              ttacgttccgctagaatagaacgttgccaagcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa                                                                                >  2:338132‑M1/79‑141 (MQ=255)
                                                                 taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                             >  1:190102/1‑141 (MQ=255)
                                                                 agttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                             >  1:27890‑M1/76‑141 (MQ=255)
                                                                   ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                           <  1:345978‑M1/68‑1 (MQ=255)
                                                                         atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCCACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAGTGTATAATTAATTCTTGTCGGTATGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                     <  1:210071/141‑1 (MQ=255)
                                                                         atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAGAACTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                     <  1:250873/141‑1 (MQ=255)
                                                                          tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                    >  2:313941/1‑141 (MQ=255)
                                                                           ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                   >  1:274146/1‑141 (MQ=255)
                                                                            tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                  >  1:42292/1‑141 (MQ=255)
                                                                              ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                                >  2:202004/1‑141 (MQ=255)
                                                                                gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              <  1:141639‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                                                aatgCAAACAAAACAACTCAATGTAATAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              <  2:269470/138‑1 (MQ=255)
                                                                                   agttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                           >  1:33226‑M1/58‑141 (MQ=255)
                                                                                     ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                         >  1:275948‑M1/56‑141 (MQ=255)
                                                                                      aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAGATTATTTTACAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                        <  1:64801/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                        caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                      >  1:57093/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCTGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATTTCAAc                                                  >  2:18439/1‑141 (MQ=255)
                                                                                             caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                 >  2:142135/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaaagacaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                            >  2:269766‑M1/43‑141 (MQ=255)
                                                                                                  caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                            <  1:77285/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                         <  2:111624/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                      ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa                                        <  1:101252/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                       atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaacgttaaaaccaa                                       >  2:119656‑M1/38‑135 (MQ=255)
                                                                                                       atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                       >  1:75150‑M1/38‑141 (MQ=255)
                                                                                                       atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                       >  1:298893‑M1/38‑141 (MQ=255)
                                                                                                        tcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                      >  1:288263‑M1/37‑141 (MQ=255)
                                                                                                        aaGAAATTACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAATGAATTAAATGTTAATAAGAGGGATAATTAATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGTACGTTGAAAGCTGAATGACTTTATGTTaaaaaaaaaaaaaaa                                      <  2:204098/141‑14 (MQ=255)
                                                                                                         caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATCATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAAGATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                     <  2:103447‑M1/106‑1 (MQ=255)
                                                                                                         caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                     <  2:308107‑M1/106‑1 (MQ=255)
                                                                                                           aaaTAACTTTAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAACAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                   <  1:231253/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             aTAACTTAAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACGTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTAAATACCAAAAAACg                                 <  2:200322/141‑1 (MQ=38)
                                                                                                                  gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                            >  2:141639‑M1/27‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    taaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAGTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAAGATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                          <  1:230771‑M1/117‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATACCAAAAAACGTAACtata                         >  1:336515‑M1/24‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                        <  1:142135/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                     >  2:327304/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                  >  1:281501‑M1/17‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTATTCAATTGTTTAATCAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGACAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                <  2:276131/141‑1 (MQ=25)
                                                                                                                              cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                <  2:276187/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc               <  1:212772/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTGCAAAc               <  1:1209‑M1/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat             <  1:64295/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta           >  1:302421/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat          >  1:332904/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                     taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt         >  2:101705/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                       gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCGTTTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa       <  1:66274‑M1/136‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       attTTAAAAAGTTATTGACTTAAAGGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACAGAATGACAATAAATCAACGTTAATTCCAAAAAACGTACCCATAAGttcccaaagttactta       >  2:134381/1‑127 (MQ=25)
                                                                                                                                            aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTGGTAtt  >  1:134762/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                            
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  CP000730/512480‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.