| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 225,710 | C→G | 61.4% | T266R (ACA→AGA) | murQ → | possible sugar phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 225,710 | 0 | C | G | 61.4% | 30.5 / 46.5 | 47 | T266R (ACA→AGA) | murQ | possible sugar phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/10); new base G (14/14); total (22/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
ACCTCATGATTGATGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAGAAC > CP000730/225572‑225849 | aCCTCATGATGGATGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGGGAAAGTTGCGagag > 2:182296/1‑141 (MQ=255) aTGATTGATGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATg < 2:276931/141‑1 (MQ=255) attgatGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGt < 2:228941/141‑1 (MQ=255) gatGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTAtg > 1:231362/1‑141 (MQ=255) atGTTAGAACAACCATTGAAAAACTGTTCGGCTGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCAATCTTATATGATGTAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGTATGATGTGATAGTTGCGTCAGTTATGGGTAtgt < 2:230256/141‑1 (MQ=255) tGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTACTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTAtgtg < 1:186305/141‑1 (MQ=255) cgcacacgaaaCCGATCAAAAACCGATCGACCGTTCAGTGCGTACTATTTAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTAtgtg < 2:329889/132‑1 (MQ=255) tAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTgg < 1:253292/141‑1 (MQ=255) aTCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAgg > 2:227100/1‑141 (MQ=255) tCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGCTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGga < 1:207656/141‑1 (MQ=255) cAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCGTGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTTTGGCATTTCTAAGgaa > 1:142190/1‑141 (MQ=255) cAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGgaa > 2:287898/1‑141 (MQ=255) cTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTGGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGca > 2:245786/1‑141 (MQ=255) gATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGACGcaca < 2:3428/141‑3 (MQ=255) ccGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACg < 1:287898/141‑1 (MQ=255) gTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGttatta > 2:338359/1‑141 (MQ=255) cGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTTCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAAc < 1:306187/141‑1 (MQ=255) cGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAAc < 2:169097/141‑1 (MQ=255) attCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGAGGTGAAAGTTGCGACAGTAATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAGGACGGTTATTAAACAATggg > 2:7613/1‑140 (MQ=255) tCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGa < 1:241254/141‑1 (MQ=255) tCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATATGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTATAGGGAAGAAGCAACAAGACGGGTATTAAACAATGGTgc > 2:294849/1‑140 (MQ=255) aGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACAt < 2:219312/141‑1 (MQ=255) aaTATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGt < 1:218810/141‑1 (MQ=255) tatGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTa > 2:18618/1‑141 (MQ=255) atGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTaa < 2:183969/141‑1 (MQ=255) cgtgaaaTCACATATGATGAAGCAATGGCGTGATATCAGGTATTTGAGCATGATTTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTaaa < 2:29352/135‑1 (MQ=255) tgatagcacaTATGATGAAGCAATGGCGTTATATCACGTATCAGAGCATGGTGTAAAAGGAGCGAGAGTTAGGGGTACGTGTGGCATTTCTGAAGAAGAAGCAACCAGACGGTGATTAAACAATGGTGACATGTGTAAACg > 2:130678/7‑141 (MQ=255) cTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAg > 2:82724/1‑141 (MQ=255) atatGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCag > 1:172839/1‑141 (MQ=255) atatGATGAAGCAAGGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGGTATGGGGATGTGTGGCCTTGCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTAATAAACAATGGTGACGTTGTTAAACGAGCAATGag > 2:250288/1‑141 (MQ=255) atgatgAAGCAATGGCGTTATTTCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCagag < 2:49278/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTCTGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTCTTAAACAACGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAgaga > 1:314330/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAACCGCGCAAACAgaga > 2:205802/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATCGTTAAACGAGCAATCAgaga < 1:209536/141‑1 (MQ=255) aTGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCt > 1:38285/1‑141 (MQ=255) gCGTAATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTag < 1:213215/141‑1 (MQ=255) gTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTaaa > 1:16780/1‑141 (MQ=255) tATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTATACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAAt < 2:57385/141‑1 (MQ=255) tGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTTTGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGAcc > 1:184386/1‑141 (MQ=255) gAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCa < 1:218795/141‑1 (MQ=255) cATGATGTGAACGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAg > 1:342605/1‑141 (MQ=255) tgtgAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGAAACCCTAAGAAGGGATTTAAATGAcagagttacaa > 1:77690/1‑131 (MQ=255) gtgAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGTATATAGCTATAGACAACCTTAGGAGGGATTTGAATGACCAAAGaacaac > 1:284452/1‑141 (MQ=255) gtgAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGCTTTAAATGACCAAAGaacaac > 1:300645/1‑141 (MQ=255) tgAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGaacaaca < 1:227100/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTGGCATACTTATCGGTATGGTTTGCATTTTCAAGCAAAAAACAACAAGACGGTTATTAAACAATTGGGACATTGGTAAACGAGCAATCAGACATAGACAACCTCAGGAGGGATTTAAATTACCACAGaacaacaa < 2:69478/140‑1 (MQ=255) ttGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGc < 2:327239/141‑1 (MQ=255) aCAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAGAAc < 1:282914/141‑1 (MQ=255) | ACCTCATGATTGATGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAGAAC > CP000730/225572‑225849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |