| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 787,110 | C→T | 16.6% | R146C (CGC→TGC) | pabB → | anthranilate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 787,110 | 0 | C | T | 16.6% | 51.2 / 5.1 | 27 | R146C (CGC→TGC) | pabB | anthranilate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/11); new base T (2/2); total (14/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
ACATATGAACATCAAACTTCTTATGTATCAAAGTATCATTTTTCATTTGTTGAATCTTCTGAGGTTATGATGACTAATATTAAACGTGTCCAACAAGCAATTGTTGAAGGCGAAACGTATCAAGTGAACTATACGGCGCGCTTAACGGATAACATTTATTATCCTATTAGTACTTTATATGAACGATTAACTCAATTTAGTAATGGTAATTATACTGCGTTATTACAAACTGATGAAATCCAAGTAGCGTCTATCTCACCAGAATTATTTTTTCAAAAA > CP000730/786972‑787250 | atatatGAACATCAAACTTCTTATGTATCAAATTATCATTTTTCATTTGGTGAATTTTCTGAGGTTATGATGACTAATATTAAACGTGTCCAACAAGCAATTGTTGAAGGCGAAACGTATCAAGTGAACTATACGgcgcgc < 2:24099/139‑1 (MQ=255) atGAACATCAAACTTCTTATGTATCAAAGTATCATTTTTCATTTGTTGAATCTTCTGAGGTTATGATGACTAATATTAAACGTGTCCAACAAGCAATTGTTGAAGGCGAAACGTATCAAGTGAACTATACGGCGCGCTTaa > 2:80560/1‑141 (MQ=255) gAACATCAAACTTCGTATGTATCAAAGTATCATTTTTCATTTGTTGAATCTTCTGAGGTTATGATGACTAATATTAAACGTGTCTAACAAGCAATTGTTGAAGGCGAAACGTATCAAGTGAACTATACGGCGCGCTTAACg < 1:8924/141‑1 (MQ=255) aaCATCAAACTTCTTATGTATCAAAGTATCATTTTTCATTTGTTGAATCTTCTGAGGTTATGATGACTAATATTAAACGTGTCCAACAAGCAATTGTTGAAGGCGAAACGTATCAAGTGAACTATACGGCGCGCTTAACgg > 1:281286/1‑141 (MQ=255) 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taCGGCGCGCTTAACGGATAACATTTATTATCCTATTAGTACTTTATATGAACGATTAACTCAATTTAGTAATGGTAATTATACTGCGTTATTACAAACTGATGAAATCCAAGTAGCGTCTATCTCACCACAATTAttttt > 2:171978/1‑141 (MQ=255) cgcTTAACGGATAACATTTATTATCCTATTAGTACTTTATATGAACGATTAACTCAATTTAGTAATGGTAATTATACTGCGTTATTACAAACTGATGAAATCCAAGTAGCGTCTATCTCACCAGAATTATTTTTTCaaaaa > 1:31859/1‑141 (MQ=255) | ACATATGAACATCAAACTTCTTATGTATCAAAGTATCATTTTTCATTTGTTGAATCTTCTGAGGTTATGATGACTAATATTAAACGTGTCCAACAAGCAATTGTTGAAGGCGAAACGTATCAAGTGAACTATACGGCGCGCTTAACGGATAACATTTATTATCCTATTAGTACTTTATATGAACGATTAACTCAATTTAGTAATGGTAATTATACTGCGTTATTACAAACTGATGAAATCCAAGTAGCGTCTATCTCACCAGAATTATTTTTTCAAAAA > CP000730/786972‑787250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |