| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 790,778 | G→A | 100% | intergenic (+277/‑197) | kipA → / → ltaS | possible allophanate hydrolase subunit 2/possible phosphatidylglycerol‑‑membrane‑oligosaccharide glycerophosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 790,778 | 0 | G | A | 99.9% | 88.1 / ‑7.6 | 29 | intergenic (+277/‑197) | kipA/ltaS | possible allophanate hydrolase subunit 2/possible phosphatidylglycerol‑‑membrane‑oligosaccharide glycerophosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (15/13); total (16/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTTGAATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTGTAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATGTT > CP000730/790644‑790912 | cTTGAATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGccc < 1:290999/141‑1 (MQ=255) ttttGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATGATTAGAATTAGATTACAAAATTTAAATTTGTTACGTGATTGACATTATTAAATAAAGGAACTTCATCAAGCAAATATGAGATGAAACCCaaaaat > 2:50834/1‑139 (MQ=255) cTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGtt < 2:135946/141‑1 (MQ=255) aaaaTTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTaa > 2:131056/1‑141 (MQ=255) aaaaTTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTaa > 2:275126/1‑141 (MQ=255) ttattaATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTATATCAAAGTTGAAAGc < 1:256349/141‑1 (MQ=255) attaATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTa > 1:315950/1‑141 (MQ=255) ttaAGTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAAGATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTAc < 2:338950/141‑1 (MQ=255) aTTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACaaa > 2:150356/1‑141 (MQ=255) ttGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTGATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAAt < 2:120874/141‑1 (MQ=255) cTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAAtt > 2:263297/1‑141 (MQ=255) tACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAg < 1:261074/141‑1 (MQ=255) aCAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTAAATCTGAAAga > 2:90024/1‑140 (MQ=255) aTTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTCAtt > 1:18868/1‑141 (MQ=255) aTTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATaa < 1:275126/141‑1 (MQ=255) aTTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATaa < 1:131056/141‑1 (MQ=255) tGTTAATTGAATTACAATATTAAATAAAGAAACTTACACAACCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTa < 1:885/141‑1 (MQ=255) aaTTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGAc < 1:73908/141‑1 (MQ=255) tGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTa > 2:145621/1‑141 (MQ=255) aataTTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACtt < 1:315614/141‑1 (MQ=255) ataaaGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAGTTATAAACTTGACTCTGAAAGTAATTACTATAATTATAACAATGTTAACTTTTAAACGc > 2:92433/1‑141 (MQ=255) aGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTCCAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTCTACGCACtt > 1:51740/1‑141 (MQ=255) gAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACtta < 2:73072/141‑1 (MQ=255) aaCTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTATTAAATGAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGATAATGTTAACTTTTAAACGCACttatt > 2:224507/1‑141 (MQ=255) aCTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAACCTTCTAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACttatta > 1:251196/1‑141 (MQ=255) aCTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAACTTATCTTCTCGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACttatta > 1:79462/1‑141 (MQ=255) cTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTattaa > 2:283491/1‑141 (MQ=255) acaAGCAAATATGAGTTAAAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAAc < 1:40017/141‑1 (MQ=255) tGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATGtt > 1:219529/1‑141 (MQ=255) | CTTGAATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTGTAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATGTT > CP000730/790644‑790912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |