| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,013,179 | A→T | 30.2% | Q19H (CAA→CAT) | yfhP → | possible metal‑dependent hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,013,179 | 0 | A | T | 30.2% | 40.8 / 21.7 | 33 | Q19H (CAA→CAT) | yfhP | possible metal‑dependent hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/9); new base T (4/6); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
CATGGTTAGTATGTAAGTTAATTTAGTTATTTGCGAAATTGGATTATAATAGTATATATAATATTATGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCATTAATTCCTGATGGGGATACTGTTCTTAAATTAAAGGACAATGCAACATATATTTCGCATCATAGAGGTATCACGCA > CP000730/2013039‑2013313 | cATGGTTAGTATGTAAGTTAATTTAGTTATTTGCGAAATTGGATTATAATAGTATATATAATATTATGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCaa > 2:16757/1‑141 (MQ=255) tATGTAAGTTAAATTAGTTATTTGCGAAATTGGATTATAATAGTATATATAATATTATGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCa < 1:152860/141‑1 (MQ=255) ttaaaTTTAGGTATTTGCAAAATTGGATTATAATAGTATATATAATATTATGAACTGAGCGGTCGGTGATGGACACTGCAACACTTATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACATCACTTGCAACTCATGATCCAGCAATTGCtt < 2:122256/138‑1 (MQ=255) gTTAATTTAGTTATTTGCGAAATTGGATTATAATAGTATATATAATATTATGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACAGCACTTGCGACTCAAGATCCAGCAATGGCtt < 2:252009/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gATTATAATAGTATATATAATATTATGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCATGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACACCTACAAc > 1:256289/1‑141 (MQ=255) gATTATAATAGTATATATAATATTATGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAAc > 2:274030/1‑141 (MQ=255) ataataTTATGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTATGGAGCAACAGATACAACACTTGTcctgcgtaca > 2:181203/1‑132 (MQ=255) taataTTATGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCAt > 1:8981/1‑141 (MQ=255) tttattaAAGGAGTGAACGGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGTGGTGGGCCTTACTGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAATCCTTATTGTTGGTTCATTAAt < 2:236365/140‑1 (MQ=255) attatGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGCGGTGGGCCTTACGGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAAGCCTTATTGTTGGTTCATTAAt < 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(MQ=255) ggTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCATTAATTCCTGATGGGGATACTGTTCTTAAATTAAAGGACAATGCAACATATATTTc > 1:277653/1‑141 (MQ=255) ggTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCATTAATTCCTGATGGGGATACTGTTCTTAAATTAAAGGACAATGCAACATATATTTc > 1:47728/1‑141 (MQ=255) tGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCATGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCATTAATTCCTGATGGGGATACTGTTCTTAAATTAAAGGACAATGCAACATATATTTCGc < 1:345295/141‑1 (MQ=255) tGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCATTAATTCCTGATGGGGATACTGTTCTTAAATTAAAGGACAATGCAACATATATTTCGc > 1:337994/1‑141 (MQ=255) ttACAGCACTTGCAACTCATGATCCAGCAACGGCTTCTACGTTGGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCATTAATTCCTTAGGGGGACACTGTTCTTAAATTAAAGGACAATGCAACATATATTTCGCATCATa < 1:330936/141‑1 (MQ=255) aaCTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCATTAATTCCTGATGGGGATACTGTTCTTAAATTAAAGTACAATGCAACATATATTTCGCATCATAGAGGTATCACGCa > 2:145359/1‑141 (MQ=255) aaCTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCATTAATTCCTGATGGGGATACTGTTCTTAAATTAAAGGACAATGCAACATATATTTCGCATCATAGAGGTATCACGCa < 1:187645/141‑1 (MQ=255) | CATGGTTAGTATGTAAGTTAATTTAGTTATTTGCGAAATTGGATTATAATAGTATATATAATATTATGAAATGAGTGAACTGATATGGACACTGCAACACATATCGCAATTGGGGTGGGCCTTACAGCACTTGCAACTCAAGATCCAGCAATGGCTTCTACGTTTGGTGCAACAGCTACAACCCTTATCGTTGGTTCATTAATTCCTGATGGGGATACTGTTCTTAAATTAAAGGACAATGCAACATATATTTCGCATCATAGAGGTATCACGCA > CP000730/2013039‑2013313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |