| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,367,543 | T→C | 10.5% | intergenic (‑660/+4898) | rpmC ← / ← pbuG | ribosomal protein L29/NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,367,543 | 0 | T | C | 10.5% | 90.2 / 2.4 | 36 | intergenic (‑660/+4898) | rpmC/pbuG | ribosomal protein L29/NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/16); new base C (2/2); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
TCAGCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTACGTTGATGTG > CP000730/2367404‑2367669 | tCAGCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATa > 1:26699/1‑141 (MQ=255) gCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGct < 2:197254/141‑1 (MQ=255) gCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGct > 2:260563/1‑141 (MQ=255) gtgtGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGctct < 1:73950/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGGGCGATGTTTTCAGCTACTAAAc > 1:19352/1‑141 (MQ=255) gCTCCGCCTAACCGACCAGATACTTGAGTCTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGa < 2:193801/141‑1 (MQ=255) aCCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTGTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAAc < 1:258108/141‑1 (MQ=255) tACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACtttttt < 1:273439/141‑1 (MQ=255) tGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTa > 2:70858/1‑141 (MQ=255) ccTTTGGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTACGTTg < 2:229390/141‑1 (MQ=255) ttAGCACCAAGTTTCACAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTACGTTGAtg < 1:210007/141‑1 (MQ=255) ttAGCACCAAGTTTCACAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTCTGATTTCAATTACGTTGAtg < 1:210098/141‑1 (MQ=255) aGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATAAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGGTCAACTTTTTGGATTTCAATTCCGTTGagtgg > 1:39534/1‑137 (MQ=255) | TCAGCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTACGTTGATGTG > CP000730/2367404‑2367669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |