| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 880,093 | G→T | 63.1% | intergenic (+271/‑70) | USA300HOU_0822 → / → nuc | hypothetical protein/micrococcal nuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 880,093 | 0 | G | T | 63.1% | 18.2 / 23.9 | 24 | intergenic (+271/‑70) | USA300HOU_0822/nuc | hypothetical protein/micrococcal nuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/7); new base T (6/9); total (8/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTATAGGGATGGC > CP000730/879959‑880230 | aaCGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTaaaaa > 1:270060/1‑141 (MQ=255) gATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGt > 1:273719/1‑141 (MQ=255) aTTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTa > 1:221204/1‑141 (MQ=255) aTGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAAt > 2:196528/1‑141 (MQ=255) ggCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTAtaatta > 1:245726/1‑141 (MQ=255) ttttAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAattaatta < 1:291472/141‑1 (MQ=255) ttttACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGttt < 2:48318/141‑1 (MQ=255) aaaaTAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAACATGTAGCATTTGAATGAATTAACGTTTAatat < 2:377749/140‑1 (MQ=255) tAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAAc < 1:214216/141‑1 (MQ=255) gCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGgtgt < 2:165844/141‑1 (MQ=255) gCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTCTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGgtgt < 1:196528/141‑1 (MQ=255) tAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTNAATNTTAAAATTAACTAAANAGAAAGAGGTgttagtt < 1:326451/141‑1 (MQ=255) atatAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGa < 1:275325/141‑1 (MQ=255) ataGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACa < 2:59147/141‑1 (MQ=255) cATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACttat > 1:45462/1‑141 (MQ=255) aaaaGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTaa > 1:375037/1‑141 (MQ=255) aaaGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAg < 2:192155/141‑1 (MQ=255) gtaagtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGc < 1:29265/141‑1 (MQ=255) tataGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCa > 1:354984/1‑141 (MQ=255) aGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCatat < 1:33861/141‑1 (MQ=255) ttattaTAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGc < 1:96447/141‑1 (MQ=255) ttattaAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATTCTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTc < 2:361317/141‑1 (MQ=255) taattTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTATAGGGATg < 1:216527/141‑1 (MQ=255) attTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTATAGGGATGGc < 2:375037/141‑1 (MQ=255) | AACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTATAGGGATGGC > CP000730/879959‑880230 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |