Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,775,439 | C→T | 49.7% | G362D (GGT→GAT) | clpX ← | S14 family endopeptidase ClpX |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,775,439 | 0 | C | T | 49.7% | 2.1 / 30.7 | 26 | G362D (GGT→GAT) | clpX | S14 family endopeptidase ClpX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/4); new base T (6/7); total (15/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGT > CP000730/1775305‑1775571 | cgtATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGttt < 2:5289/141‑1 (MQ=255) aGTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATTATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTtttctt < 1:196416/141‑1 (MQ=255) gTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTtttcttt > 1:168848/1‑141 (MQ=255) tCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCa < 2:125344/141‑1 (MQ=255) ttgtGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATaa > 2:333082/1‑141 (MQ=255) tgtgCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATaaa > 2:135872/1‑141 (MQ=255) tgtgCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATaaa < 2:18022/141‑1 (MQ=255) tgCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGc < 2:99597/141‑1 (MQ=255) aCTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTg < 2:320267/141‑1 (MQ=255) gTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTaaa > 1:65290/1‑141 (MQ=255) ttACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAAt < 2:324481/141‑1 (MQ=255) ttttCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCcaca > 1:13642/1‑141 (MQ=255) cgaaaGAAGGCACATCAAACATAGTAGCGATCAACGAGACATCTCTGATTGTACGTCAACCACGCGCATCTGTTTTTCTCTCAATTGCTTTCTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTCAACTCTAAATCCAcatcat > 2:37563/5‑141 (MQ=255) aaGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAAtt > 1:285221/1‑141 (MQ=255) aaGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAGGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAAtt < 2:121928/141‑1 (MQ=255) ggCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTcc < 2:241033/141‑1 (MQ=255) cacaTCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCGTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAg > 2:199888/1‑141 (MQ=255) caTCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCa > 1:152052/1‑141 (MQ=255) aataTCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGtata > 1:85559/1‑141 (MQ=255) cGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGtt > 2:109929/1‑141 (MQ=255) gATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCTCTTATTTTTGATAAAGCTTCTTCAGTTAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCCTTTTGGTATATTGctt > 2:187087/1‑141 (MQ=255) ttAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTca < 1:360185/141‑1 (MQ=255) tAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTcac > 2:331637/1‑141 (MQ=255) ttcttcTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGc > 1:240776/1‑141 (MQ=255) gATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAgg < 2:152052/141‑1 (MQ=255) cACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGt > 2:326272/1‑141 (MQ=255) | CGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGT > CP000730/1775305‑1775571 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |