Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 2,803,971 | A→T | 15.4% | V718D (GTC→GAC) | secA2 ← | Sec family Type I general secretory pathway protein SecA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,803,971 | 0 | A | T | 15.4% | 66.0 / 7.7 | 26 | V718D (GTC→GAC) | secA2 | Sec family Type I general secretory pathway protein SecA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/11); new base T (2/2); total (13/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.22e-01 |
CTTCAAATGAATCTAAGGCAACTCTATGGTATTCAAAAATAGCGTTACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCCACATCTTTATTA > CP000730/2803831‑2804111 | cTTCAAATGAATCTAAGGCAACTCTATGGTATTCAAAAATAGCGTTACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGa < 1:81148/141‑1 (MQ=255) gTATTCAAAAATAGCGTTACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTataataata < 1:121976/141‑1 (MQ=255) cAAAAATAGCGTTACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCAc > 1:96819/1‑141 (MQ=255) aTAGCGTTACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGc < 1:238391/141‑1 (MQ=255) aTAGCGTTACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGc < 1:163320/141‑1 (MQ=255) aGCGTNACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCAt < 1:116850/141‑1 (MQ=255) gCGTTACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATg < 2:347416/141‑1 (MQ=255) gCGTTACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATAAATTGCTTTCAAAAAGAGTTTTTGTACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATg < 2:325017/141‑1 (MQ=255) cccATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGAtt > 1:273667/1‑141 (MQ=255) aaTAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCa > 1:75306/1‑141 (MQ=255) aaTAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCa > 1:85793/1‑141 (MQ=255) tAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCact > 1:307088/1‑141 (MQ=255) aGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCacta > 1:301994/1‑141 (MQ=255) cGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGAATGTTTTTAAGCTTAAAAGATACTAGATTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACtg > 1:224180/1‑141 (MQ=255) gTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACtgcttgct > 2:308833/1‑141 (MQ=255) tAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATc < 1:277548/141‑1 (MQ=255) cAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTa < 2:146291/141‑1 (MQ=255) aCATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTTAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTaaa > 2:326471/1‑141 (MQ=255) aTCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAac < 1:144662/141‑1 (MQ=255) tCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAaca > 1:245684/1‑141 (MQ=255) cgttCAAAAAGTCTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCca > 2:101442/3‑141 (MQ=255) cgttCAAAAAGTCTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCca > 2:101420/3‑141 (MQ=255) tCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCCACAt < 1:221108/141‑1 (MQ=255) aaaaaGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCCACATCt > 2:132285/1‑141 (MQ=255) aaaGTCTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCCACATCttt < 1:101420/141‑1 (MQ=255) aaaGTCTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCCACATCttt < 1:101442/141‑1 (MQ=255) aaaGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATACTATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCCACATCttt < 1:300444/141‑1 (MQ=255) aCTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCCACATCTttatta < 2:55334/141‑1 (MQ=255) | CTTCAAATGAATCTAAGGCAACTCTATGGTATTCAAAAATAGCGTTACGTTGCCCATTTTGTCGTTGATTAACGCTTGCTTTTAATTGTTGTAAATAGTCGACTTGTTCTAACCAACATGAATCAATTGCTTTCAAAAAGACTTTTTGAACGAAAATATTATAATAATATGCACTTTGCATGTTTTTACGATTCAAAGCTAATTGCTTTTCAAATTGCTCTAATAAAAATGTCACTACTGCTTGCTTATCTTTAAAATTAACACAAGCCACATCTTTATTA > CP000730/2803831‑2804111 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |