| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 225,710 | C→G | 43.8% | T266R (ACA→AGA) | murQ → | possible sugar phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 225,710 | 0 | C | G | 43.8% | 18.7 / 64.8 | 41 | T266R (ACA→AGA) | murQ | possible sugar phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/14); new base G (11/7); total (20/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
GATGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAG > CP000730/225583‑225846 | gatGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTAtg > 1:278325/1‑141 (MQ=255)gatGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTAtg < 1:154111/141‑1 (MQ=255) tGTAAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTAGCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTAtgtg < 2:126640/141‑1 (MQ=255) aGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCAt < 2:196548/141‑1 (MQ=255) aaaaCTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGgaaga > 1:1947/1‑141 (MQ=255) aCTGANCGTCCGTTCAATGCGTATTATTCAAAAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGc < 1:39401/141‑1 (MQ=255) tGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGcaa < 1:191995/141‑1 (MQ=255) gATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGcaac > 2:330831/1‑141 (MQ=255) gACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGa > 2:118825/1‑141 (MQ=255) ccGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACg > 1:259312/1‑141 (MQ=255) ccGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACg < 2:1612/141‑1 (MQ=255) gTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGttatta < 1:90394/141‑1 (MQ=255) cGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAAc > 2:60522/1‑141 (MQ=255) tattCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATgg < 1:192852/141‑1 (MQ=255) attCAAGAAATCTGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGt > 2:148534/1‑141 (MQ=255) ttCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTg > 2:301536/1‑141 (MQ=255) ttCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTg < 1:220596/141‑1 (MQ=255) cAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGAc < 1:111546/141‑1 (MQ=255) tgCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACg < 1:178795/141‑1 (MQ=255) gCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGa < 2:53987/141‑1 (MQ=255) cTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGaa > 2:275152/1‑140 (MQ=255) acaTATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATc < 2:8995/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAgaga > 1:98518/1‑141 (MQ=255) gatgaAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGAt > 2:103965/1‑141 (MQ=255) gatgaAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGAt > 1:43315/1‑141 (MQ=255) gatgaAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGAt > 2:241439/1‑141 (MQ=255) atgaAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATCTAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATa < 1:200338/141‑1 (MQ=255) gaAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGa > 1:335034/1‑141 (MQ=255) aTGGAGTTATATCAGGTATGTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAAccc < 2:189284/141‑2 (MQ=255) atatCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAggg > 1:326860/1‑141 (MQ=255) tCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGTAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGAtt < 2:339282/141‑1 (MQ=255) cTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGAc > 1:353690/1‑141 (MQ=255) gggCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCa < 2:372380/139‑1 (MQ=255) aGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCaa > 2:78303/1‑141 (MQ=255) gatgTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGaac < 1:190410/141‑1 (MQ=255) atgTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGaaca < 2:210011/141‑1 (MQ=255) tgtgAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGaacaa > 1:73832/1‑141 (MQ=255) gtgAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGaacaac > 2:340810/1‑141 (MQ=255) aaaGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGaacaacaac < 2:1947/141‑1 (MQ=255) aaGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACt < 2:173726/141‑1 (MQ=255) gCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTGAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAg > 1:341497/1‑141 (MQ=255) | GATGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAG > CP000730/225583‑225846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |