| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 29 (1.060) | 20 (1.040) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
18/190 | 0.2 | 49.5% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA > CP000730/512481‑512758 | cggCGTCCAGTACCGATGACAACGGTGAAATTTTTACTGTCGTTAACCAGTCAGAAAGCATCAATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTCACGAAACTTCATTTCaa > 2:179914/2‑141 (MQ=255) acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa > 1:117767‑M1/138‑141 (MQ=255) cGTTCCGTACAGATAACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGTAGTTTGAAAGGCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAGACAACTCAACTTAAGAGATAACTTGAATTACTAACGCAAATTACTTTTaaaaa > 2:296831/1‑141 (MQ=255) gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa > 2:262186/1‑131 (MQ=255) 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1:283611‑M1/23‑1 (MQ=255) cagaagttaagctccttagcgtggatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatcgacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat > 2:28353‑M1/116‑138 (MQ=255) tAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa < 2:119761/141‑1 (MQ=255) agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa < 2:123321‑M1/30‑1 (MQ=255) ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg > 1:226801‑M1/110‑141 (MQ=255) tagtgttttTATGCACGTTGACAGCCTCTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAATCCCTACAACTCCACTTAAGAAATTATTTGAATTACTAACGTCGATTTATTTTAAAAAGGTTTTGTCTTATATGTTAATAAATTGt‑att > 2:11600/4‑140 (MQ=255) 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2:230616‑M1/60‑141 (MQ=255) ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTCCACATTCATCCTTTGT‑ATTTTTCTTTCTTGTCGGCTAGTTAAAAGAAAATTAAAAACTGAATGACa > 1:179926/1‑141 (MQ=255) tgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 2:123982‑M1/55‑141 (MQ=255) aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa > 2:198226/1‑141 (MQ=255) ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa < 1:224057‑M1/92‑1 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaaa > 1:214712/1‑140 (MQ=255) 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1:179914/140‑1 (MQ=12) cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 2:105482/1‑141 (MQ=255) aaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAaaaaacgtaacttatagttacgt > 1:70674‑M1/16‑130 (MQ=255) aatggacaaaatatAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 2:254727‑M1/15‑141 (MQ=255) aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat < 2:54799/141‑1 (MQ=255) caagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat < 1:12211‑M1/133‑1 (MQ=255) agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt < 1:86777‑M1/135‑1 (MQ=255) ttttAAAAAGGTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAGTTaa > 2:291882/1‑140 (MQ=255) aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa > 1:79299‑M1/3‑141 (MQ=255) | GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA > CP000730/512481‑512758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |