Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	512,643	0	A	G	55.4%	13.6 / 70.4	57	intergenic (+711/‑150)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (16/9);  new base G (17/14);  total (34/23)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.89e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.60e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

TAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA  >  CP000730/512508‑512783                                                                                                                                        |                                                                                                                                               tAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                                           <  2:119761/141‑1 (MQ=255)  agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                                          <  2:123321‑M1/30‑1 (MQ=255)    ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg                                                                                                                                        >  1:226801‑M1/110‑141 (MQ=255)        tagtgttttTATGCACGTTGACAGCCTCTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAATCCCTACAACTCCACTTAAGAAATTATTTGAATTACTAACGTCGATTTATTTTAAAAAGGTTTTGTCTTATATGTTAATAAATTGt‑att                                                                                                                                   >  2:11600/4‑140 (MQ=255) 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                                                                                                                                       |                                                                                                                                               TAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGT‑ATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA  >  CP000730/512508‑512783

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑