| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,775,439 | C→T | G362D (GGT→GAT) | clpX ← | S14 family endopeptidase ClpX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,775,439 | 0 | C | T | 95.8% | 73.7 / NA | 24 | G362D (GGT→GAT) | clpX | S14 family endopeptidase ClpX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (10/13); minor base A (1/0); total (11/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGT > CP000730/1775309‑1775571 | taGTTCTGGTTCATTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTGTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTtttct < 1:160303/141‑1 (MQ=255) cttcATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCAc < 1:90856/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGc < 2:24023/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGc < 2:23997/141‑1 (MQ=255) tgCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGc > 1:169212/1‑141 (MQ=255) tGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGcttc < 2:219210/141‑1 (MQ=255) cTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGa > 2:209757/1‑141 (MQ=255) ccTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAAct > 1:120088/1‑141 (MQ=255) ccTTCGTTACATTCTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCCTCTATGATTTAACGGAAACCAAGCGCAACTGTTTTTCTTCCAATTGCTTTTCCACTAATACCTGTTACAGctcccatcgtcaacc > 2:213655/1‑128 (MQ=255) tACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATc > 1:206520/1‑141 (MQ=255) aCATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATcc < 2:48618/141‑1 (MQ=255) cATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCca > 1:161688/1‑141 (MQ=255) aGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTaa > 1:50759/1‑141 (MQ=255) aaGGCACATCAAACATAATATCTATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTCTTCCTTTCAATTACGTGTTCACTAATTGGTGATAAAGCTTCTTGACGGAACTCTAAATCAACATCATCTAAtt > 2:116016/1‑141 (MQ=255) ggCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTcc < 2:161688/141‑1 (MQ=255) ataataTCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGta > 1:166890/1‑141 (MQ=255) ataataTCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGta < 2:251935/141‑1 (MQ=255) atatCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTatat > 1:95081/1‑141 (MQ=255) ttcttcTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGc < 1:91912/141‑1 (MQ=255) gTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTa < 1:22538/141‑1 (MQ=255) aaaCCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAg > 2:153/1‑141 (MQ=255) cACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGt < 2:95081/141‑1 (MQ=255) cACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGt < 2:206520/141‑1 (MQ=255) gcATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCAt < 1:89553/89‑1 (MQ=255) | TAGTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGT > CP000730/1775309‑1775571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |