Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	CP000730	880,093	G→T	intergenic (+271/‑70)	USA300HOU_0822 → / → nuc	hypothetical protein/micrococcal nuclease

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	880,093	0	G	T	100.0%	66.8 / NA	20	intergenic (+271/‑70)	USA300HOU_0822/nuc	hypothetical protein/micrococcal nuclease
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (7/13);  total (7/13)

CGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTAT  >  CP000730/879961‑880221                                                                                                                                      |                                                                                                                                 cGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTtaaaaat                                                                                                                          >  1:228559/1‑139 (MQ=255)       aTGTTGTATACTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTTGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAAt                                                                                                                    <  2:63042/141‑1 (MQ=255)                                    aGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAAt                                                                                       >  1:236142/1‑141 (MQ=255)                                                taAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAaaaga                                                                           >  1:46684/1‑141 (MQ=255)                                                taAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAaaaga                                                                           >  1:46686/1‑141 (MQ=255)                                                    ttCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAaaagaaag                                                                        <  2:228559/141‑1 (MQ=255)                                                         gCAACTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGgtgt                                                                  <  2:219247/141‑1 (MQ=255)                                                             cTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTgttagt                                                              <  1:155516/141‑1 (MQ=255)                                                                aaaTATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTAt                                                           >  2:222418/1‑141 (MQ=255)                                                                aaaTATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTAt                                                           <  2:169444/141‑1 (MQ=255)                                                                 aaTATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATg                                                          <  1:299196/141‑1 (MQ=255)                                                                 aaTATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATg                                                          <  1:279064/141‑1 (MQ=255)                                                                  atatAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGa                                                         <  2:268463/141‑1 (MQ=255)                                                                      aGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGa                                                     <  1:262552/141‑1 (MQ=255)                                                                      aGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAAGTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGa                                                     <  1:83290/141‑1 (MQ=255)                                                                        aaaaTACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAAt                                                   <  1:100087/141‑1 (MQ=255)                                                                                        agtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTCAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTgg                                   >  1:252660/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                 taAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGATGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAata          <  1:155659/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                      ttttATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACt     <  1:222418/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                         tattaATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTtat  >  1:104334/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                      |                                                                                                                                 CGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTAT  >  CP000730/879961‑880221

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑