| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,064,016 | G→A | A158V (GCA→GTA) | brpA ← | LytR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,064,016 | 0 | G | A | 98.1% | 178.1 / ‑4.7 | 53 | A158V (GCA→GTA) | brpA | LytR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (22/29); total (23/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
AAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAGGAAT > CP000730/1063882‑1064146 | aaGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCa < 1:388081/141‑1 (MQ=255) gCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCata > 2:223886/1‑141 (MQ=255) tcatcaCCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTg < 1:424210/141‑1 (MQ=255) catcaCCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCATGCTCATTTCCAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGa > 2:411278/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACata > 1:165719/1‑141 (MQ=255) tAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACata > 1:165537/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACataa < 1:79123/141‑1 (MQ=255) tttttGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACataata < 1:417242/141‑1 (MQ=255) ttGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATc < 1:429324/141‑1 (MQ=255) tGGTACCCTTTTTTTTTTTTTTTCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATTCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATTCTTTCATATTTACTCTCACATAATAATCa > 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(MQ=255) ttttaatCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACataa > 2:209630/1‑119 (MQ=255) ttttaatCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATgg > 1:371582/1‑141 (MQ=255) ttaatCTTACCAGTATCATATGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCGCACATAATAATCAACAGGTACATTCAttctg < 2:653870/141‑5 (MQ=255) atCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCt < 2:496634/141‑1 (MQ=255) aCCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTAc < 1:446358/141‑1 (MQ=255) cAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCg < 1:337161/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACAAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTgg < 1:536469/141‑1 (MQ=255) cATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGac < 2:657222/141‑1 (MQ=255) tttAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGacca > 2:264369/1‑141 (MQ=255) aGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCat > 2:259803/1‑141 (MQ=255) cGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATAtg < 1:467560/141‑1 (MQ=255) tATGGCACATCATATTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCACGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATAtgca < 2:264481/141‑1 (MQ=255) acaTCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGAGCCACCAGAtgcatgtgca > 1:393161/1‑141 (MQ=255) atAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGt < 1:674605/141‑1 (MQ=255) gTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAAt > 2:367712/1‑141 (MQ=255) tGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTAt > 2:394156/1‑141 (MQ=255) aGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGa < 2:306211/102‑1 (MQ=255) aGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGa > 1:306211/1‑102 (MQ=255) aGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAg < 2:269341/141‑1 (MQ=255) aGCTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAg < 2:64297/141‑1 (MQ=255) cTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGcc > 1:200224/1‑141 (MQ=255) cTCATTTACAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGcc < 2:606962/141‑1 (MQ=255) cAGCCTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAg < 2:656617/141‑1 (MQ=255) cTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAGGAAt > 1:446235/1‑141 (MQ=255) cTCGACAAATACTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAGGAAt > 1:617355/1‑141 (MQ=255) | AAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATCATCTGTGTTAGGTTCATTTAAGTCGTATGGCACATCATAGTATATGCCACCAAGCTCATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAGGAAT > CP000730/1063882‑1064146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |