| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 225,710 | C→G | T266R (ACA→AGA) | murQ → | possible sugar phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 225,710 | 0 | C | G | 96.5% | 198.2 / 0.1 | 57 | T266R (ACA→AGA) | murQ | possible sugar phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (23/32); total (25/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
ACCTCATGATTGATGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAGA > CP000730/225572‑225847 | aCCTCATGATTGATGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATTTGAGCATGAGGTGAAAGGTGCGagag > 2:492100/1‑141 (MQ=255) gatGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTAtg > 2:520557/1‑141 (MQ=255) gatGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTAtg > 2:21297/1‑141 (MQ=255) atGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGCTGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTAtgt < 2:355804/141‑1 (MQ=255) gTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGAGGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTAtgtgt < 1:315472/141‑1 (MQ=255) tAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTgg < 1:60768/141‑1 (MQ=255) aaaGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGc < 2:265060/141‑1 (MQ=255) aaaGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGc < 1:372264/141‑1 (MQ=255) cAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCAttt > 2:299976/1‑141 (MQ=255) ccAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTa > 1:279400/1‑141 (MQ=255) ccAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTa > 2:276959/1‑141 (MQ=255) ccAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCAATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTa < 1:316911/141‑1 (MQ=255) tCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGga > 2:618180/1‑141 (MQ=255) aaaaCTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGgaaga > 2:635913/1‑141 (MQ=255) aaCTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATAGGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGaagaag < 1:629758/141‑1 (MQ=255) cTGATCGACCGTTCAGTNCGTATTATTCNAGAANTATNTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGca > 1:484870/1‑141 (MQ=255) gATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATCTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGcaac < 2:614246/141‑1 (MQ=255) cGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGcaacacg > 2:604002/1‑139 (MQ=255) gTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGt > 1:593800/1‑141 (MQ=255) tCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGtta > 1:135718/1‑141 (MQ=255) cAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGttat < 1:436492/141‑1 (MQ=255) cAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGttat < 2:24501/141‑1 (MQ=255) gCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTaaa < 1:655820/141‑1 (MQ=255) ttattCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATg < 2:410755/141‑1 (MQ=255) tattCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATgg > 2:554532/1‑141 (MQ=255) ttCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTg > 1:253561/1‑141 (MQ=255) cAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGAc > 1:145204/1‑141 (MQ=255) cAAGAAATATGTGCTATAACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGAc < 2:3342/141‑1 (MQ=255) aaGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACa < 2:332089/141‑1 (MQ=255) atatGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGtt > 2:411252/1‑141 (MQ=255) tatGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTa < 1:282510/141‑1 (MQ=255) tatGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTa < 1:282469/141‑1 (MQ=255) gtgCTATCACATATGGTGAAGGAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAAc < 2:206292/141‑1 (MQ=255) gtgCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAAc < 2:206285/141‑1 (MQ=255) gtgCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAAc > 1:407738/1‑141 (MQ=255) tgCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACg < 1:205804/141‑1 (MQ=255) gCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGa < 2:177899/141‑1 (MQ=255) tATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGc < 2:144811/141‑1 (MQ=255) tATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGc < 1:635913/141‑1 (MQ=255) aTCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCa < 2:374377/141‑1 (MQ=255) cacaTATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAAt < 1:21297/141‑1 (MQ=255) cacaTATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAAt > 1:130058/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAATGGCTTTATATCAGGTATCTGAGCATGATATGAAATTTGCGAGAGTTATGGGTATGTATGGCCTTTCTAAGAAAGAAGCAACAAGCCGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAgaga < 1:103782/141‑1 (MQ=255) aGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACa < 2:412514/141‑1 (MQ=255) ggCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTa > 1:403297/1‑141 (MQ=255) ttATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTaggag > 1:435048/1‑141 (MQ=255) tataTCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTaggagg > 1:360574/1‑141 (MQ=255) atatCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAggg < 2:691355/141‑1 (MQ=255) tatCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGa < 1:554532/141‑1 (MQ=255) atCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGAt < 2:565134/141‑1 (MQ=255) tCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGAtt < 1:278549/141‑1 (MQ=255) gTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTaaa < 1:27329/141‑1 (MQ=255) aGCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCaa > 1:442183/1‑141 (MQ=255) gCATGATGTGAAAGTTGCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACaaaa > 1:310004/1‑141 (MQ=255) tgatgTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTCAGGTGGGGCTTAAATGACCAAAGaa > 1:76653/1‑141 (MQ=255) gCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAg > 2:576009/1‑141 (MQ=255) gCGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAg > 2:651830/1‑141 (MQ=255) cGAGAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAGa < 2:279400/141‑1 (MQ=255) | ACCTCATGATTGATGTTAAAGCAACCAATCAAAAACTGATCGACCGTTCAGTGCGTATTATTCAAGAAATATGTGCTATCACATATGATGAAGCAATGGCGTTATATCAGGTATCTGAGCATGATGTGAAAGTTGCGACAGTTATGGGTATGTGTGGCATTTCTAAGGAAGAAGCAACAAGACGGTTATTAAACAATGGTGACATTGTTAAACGAGCAATCAGAGATAGACAACCTTAGGAGGGATTTAAATGACCAAAGAACAACAACTTGCAGA > CP000730/225572‑225847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |