Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP000730 880,093 G→T intergenic (+271/‑70) USA300HOU_0822 → / → nuc hypothetical protein/micrococcal nuclease

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730880,0930GT94.4% 107.8 / 1.0 37intergenic (+271/‑70)USA300HOU_0822/nuchypothetical protein/micrococcal nuclease
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (1/1);  new base T (12/22);  total (13/24)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01

AACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTATA  >  CP000730/879959‑880222
                                                                                                                                      |                                                                                                                                 
aaCGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                             >  1:451882/1‑141 (MQ=255)
   gATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGt                                                                                                                          <  1:92915/141‑1 (MQ=255)
         tgttgtAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAAtt                                                                                                                    <  1:170438/141‑1 (MQ=255)
         tgttgtAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAAtt                                                                                                                    >  2:613165/1‑141 (MQ=255)
               aGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTAtaatt                                                                                                              <  1:199053/141‑1 (MQ=255)
                    ttttAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTATAAAAATGTAGAATTATAattaatta                                                                                                         <  2:56404/141‑1 (MQ=255)
                       tAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCAACTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACg                                                                                                      >  1:372714/1‑141 (MQ=255)
                          ttttACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGttt                                                                                                   <  2:408649/141‑1 (MQ=255)
                             tACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTGTAATTAATTAACGTTTAat                                                                                                <  2:73234/141‑1 (MQ=255)
                             tACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAat                                                                                                <  2:271478/141‑1 (MQ=255)
                                                 taAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAATAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAAAAAAAAAAaaaga                                                                            <  2:611102/141‑1 (MQ=255)
                                                  aaGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATAAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAaaagaa                                                                           >  1:15295/1‑141 (MQ=255)
                                                      tCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAagag                                                                       <  2:483141/141‑1 (MQ=255)
                                                          gCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGgtgt                                                                   <  1:29672/141‑1 (MQ=255)
                                                          gCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGgtgt                                                                   <  1:465901/141‑1 (MQ=255)
                                                               aaaaaTATAGAAAATACATAAAAGTAGGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTgttagtt                                                              <  2:556893/140‑1 (MQ=255)
                                                                       aGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGa                                                      >  1:179158/1‑141 (MQ=255)
                                                                        gAAAATACATAAAAGTACGCATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGaa                                                     <  2:140536/141‑1 (MQ=255)
                                                                        gAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAATAGAATGTGGTGTTAGTTATGACAGaa                                                     <  2:451882/141‑1 (MQ=255)
                                                                           aaTACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTTTTTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAACAGGTGTTAGTTATGAAAGAATaa                                                  >  2:224204/1‑140 (MQ=255)
                                                                               cATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACttat                                              <  1:178026/141‑1 (MQ=255)
                                                                                  aaaaGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTaa                                           >  1:144363/1‑141 (MQ=255)
                                                                                       taagtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCt                                      <  1:376463/141‑1 (MQ=255)
                                                                                          gtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTGATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGc                                   >  2:606169/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                     ttattaTAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGc                        <  2:182/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     ttattaTAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATGAACTAAAAGGAGAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGc                        <  2:241883/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     ttattaTAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGc                        <  2:55967/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                        ttatAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTACAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAAAGGAGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAATTGCTGGCATATGTATGGCaaa                     >  2:591519/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                        ttatAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAAt                     >  1:322720/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                           taATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGt                  <  1:64020/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             attattAAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGttt                >  2:401425/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  taAATTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAata           <  1:19771/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aTTTTTATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGTTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTa        <  2:446908/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      tttttATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTAc       >  2:508114/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        tttATTAATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACtt     <  2:35579/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         ttattaATTAATTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATCGTCATCGCTTCAATATTACTta    <  2:179158/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           attaattaATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTtata  >  1:510911/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      |                                                                                                                                 
AACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTATA  >  CP000730/879959‑880222

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑