| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,481,355 | G→T | 100% | A6890E (GCA→GAA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,481,355 | 0 | G | T | 100.0% | 156.8 / NA | 55 | A6890E (GCA→GAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (28/27); total (28/27) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481231‑1481491 | cAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGATTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCAt < 1:145726/140‑1 (MQ=255) cTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTCACGCCGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATcgcttc > 2:110888/1‑135 (MQ=255) gAGCGGTTTGAATGGCTTGCGATACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt > 1:379271/1‑140 (MQ=255) tttGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTCCTTTTCTa > 2:281073/1‑140 (MQ=255) gAATGGCTTGCGTTACTCCAGCTACAGTGTGTGCTTGATTGATGTTTCCAGTTACAGCATCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCCAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTTGCATCTGTTACTTTTCTGTcg < 2:354988/140‑2 (MQ=255) gAATGGCTTGAGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCa < 2:44333/140‑1 (MQ=255) ttGCGTTACTTCAGCTTCAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTTATAGCTCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTTTCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa < 1:19424/140‑1 (MQ=255) ttGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACAATTCa > 2:132234/1‑140 (MQ=255) tACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCtt > 2:577860/1‑140 (MQ=255) aCTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTg > 2:226900/1‑140 (MQ=255) aCTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGATAACTTCCCATCCACATCCAACGCtat < 2:608503/140‑3 (MQ=255) ttCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGtt < 2:379271/140‑1 (MQ=255) cAGCTACAGTGTGCGCTTGGTTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTc < 1:283060/140‑1 (MQ=255) cAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTACCGGCACAATATCGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTc < 1:235515/140‑1 (MQ=255) gCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCCTTCAACGCTTGTTTCGt > 2:343544/1‑140 (MQ=255) gCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGt > 2:587414/1‑140 (MQ=255) tACAGTGTGCGCTTGGTTGGTGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAg < 2:458107/140‑1 (MQ=255) tgtgtttgatttgTTTTGCCAGTACCCGCACCTTTTTTGGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTGATTTCGTAGTTGTTAc < 2:47954/135‑1 (MQ=255) tggttggtGTTTCCAGTAACAGCACCGGTTTGTGCATTGGTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTGTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTCATTGTTACAGTTGa > 2:639867/4‑140 (MQ=255) tgattgatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACTGTTGa > 2:108005/1‑140 (MQ=255) ttgatGTTTCCAGTAACAGCCCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAg < 1:224147/140‑1 (MQ=255) gatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtg > 1:622026/1‑140 (MQ=255) gatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtg > 1:659053/1‑140 (MQ=255) atGTTTCCAGTTACTGCTCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTAGCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgc < 1:452414/140‑1 (MQ=255) atGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTACGTTATCTAAGGTAGATGGTGTTGGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgc > 1:389933/1‑140 (MQ=255) tGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTGTCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTAATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAAAGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgct > 1:585327/1‑140 (MQ=255) tGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgct > 1:303640/1‑140 (MQ=255) ttCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGTTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTgctgct < 2:259340/140‑1 (MQ=255) cAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAGGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTACTATCACCACTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAATTCCTGCTTCa > 2:636456/1‑140 (MQ=255) gTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAAc > 1:216890/1‑140 (MQ=255) aaCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACtt > 1:614524/1‑140 (MQ=255) aCAGCACCTTTTTGTGTATAGTTTAAGTTATCTAACGTGGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTCGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACATTTGAAAGTGCTGCTTCAACAtg > 1:405656/1‑140 (MQ=255) aCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCCTTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTACGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTtg > 1:660284/1‑140 (MQ=255) aCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTtg > 1:92236/1‑140 (MQ=255) cAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTAAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTtgt < 1:368696/140‑1 (MQ=255) ccTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTg > 2:270089/1‑140 (MQ=255) cTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAGTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTgg < 1:297677/140‑1 (MQ=255) tttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGt > 1:623206/1‑140 (MQ=255) tttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACCTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTTGCATCTGTTACTTTTTTGTCACCATTTAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGt < 2:160862/140‑1 (MQ=255) ttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCCACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGGTTCAACTTGTGATTGGtt > 2:57023/1‑140 (MQ=255) ttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGTTGCTTCAATTTGTGATTGGtt > 2:416702/1‑140 (MQ=255) tttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTACTTCTGCTTATTATTGGttt > 2:683520/1‑139 (MQ=255) gtgtATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGCTACTTTTCTATCACCATTCAACGCGTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGTAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCa < 1:64056/140‑1 (MQ=255) ttGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCATCGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGt < 2:197848/140‑1 (MQ=255) tAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTGGCATCGGTGACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAt < 2:447977/140‑1 (MQ=255) tAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAt < 2:517404/140‑1 (MQ=255) aaGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAtt > 2:374396/1‑140 (MQ=255) aGTTATCTTAGGTTGATTATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGTATTTGTTACTTTTCTATTAACGTTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAttt < 1:395690/140‑1 (MQ=255) tCTAACGTAGATAATGTTTTGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTg < 1:398952/140‑1 (MQ=255) cGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTACTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACTATTTGATTGATtaa > 2:345872/1‑140 (MQ=255) atttgatgatGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCTCCATTCCACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAATTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGAGtaa < 2:432269/136‑1 (MQ=255) aGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTGCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaataa < 2:10721/140‑1 (MQ=255) aaggtcggttttCATTGTTTTAAGCATCGGTTACATTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGGTGAAAGTGCTGCTTCAAATTGTGACTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt > 2:188272/7‑140 (MQ=255) aTGTTTGGTTTTTATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCTTTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 1:590536/140‑1 (MQ=255) aTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTTTTTTTTTTAAACTCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 1:343544/140‑1 (MQ=255) aTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 1:587414/140‑1 (MQ=255) gtttggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTc > 1:660775/1‑140 (MQ=255) ttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagcagc > 2:564553/1‑140 (MQ=255) | CAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481231‑1481491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |