| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,512 | A→G | 32.1% | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,512 | 0 | A | G | 32.1% | 87.3 / 63.3 | 84 | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/30); new base G (11/16); total (38/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
TACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAA > CP000730/111374‑111649 | tACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATCTAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTCTATAGATGGAGTTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTTAg > 2:32055/1‑140 (MQ=25)tACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGAGGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAg < 2:472869/140‑1 (MQ=255) cTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCt < 2:437373/140‑1 (MQ=255) tGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCta < 1:727685/140‑2 (MQ=255) tGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCta > 1:360067/1‑139 (MQ=255) tGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTc < 2:218750/140‑1 (MQ=255) tGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTc < 2:427190/140‑1 (MQ=255) agAAGTTAAAAAAAAAAACATAAAAAAAAAAATCGAAAACTATAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGAATTAAGGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAat < 1:64018/139‑1 (MQ=17) gAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAata < 2:611753/140‑1 (MQ=255) aaGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTATATCAATATTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATAATATAATCAAGAGATGCCGAGTTATTCGGCtagatgt > 2:3408/1‑134 (MQ=18) aaGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAatat > 1:393678/1‑140 (MQ=255) gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGACGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCa < 1:646586/140‑1 (MQ=255) ttAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTAAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCAGAGTTATTAAGCTCAATATCac > 2:475107/1‑139 (MQ=255) agaagaAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa < 1:30120/140‑1 (MQ=255) agaaaaAAAAAGAAAAAAAGAAATCGAAAAGTTTAAGTTTTTTGCGGAAGAGAACAAGTTCAAAGAGTTAATTAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTGATTCGGCTAAATATCAATTaa < 2:211249/140‑1 (MQ=17) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAAc > 2:69643/1‑140 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAACTTTTTGCGCAATACAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATACCATATAATCCAGAGGTCCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAAc > 2:589343/1‑140 (MQ=21) agaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTa < 1:261914/140‑1 (MQ=255) agaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTa < 1:3237/140‑1 (MQ=255) agaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTa > 2:190929/1‑140 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCAAAATATAAATTAACTaa > 2:26519/1‑140 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATAATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTaa > 1:328228/1‑140 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACATTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATCATACCGAGGTGCCGAGTTATACGGCTAAATATCAATTAACTAatga > 2:151286/1‑140 (MQ=18) aaaTAAAAAAATAAATCGATAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgat < 1:157450/138‑1 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATCGACATGTTTAAGATGTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTCTTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat > 2:697947/1‑140 (MQ=14) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat > 1:637115/1‑140 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgat > 2:378464/1‑140 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTGTAAGTTTTTTGCGCAATATAGAAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATGATATAATACAGGTGTAGCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatggt > 2:329573/1‑138 (MQ=17) aTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga < 2:656636/140‑1 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATTAATTAACTAATgatgat > 1:154000/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAtt < 2:674695/140‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCTAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 1:686695/140‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATGATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 1:154713/140‑1 (MQ=255) aataaagccaaaaCTTTAATTTTTTTTCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt < 1:161266/131‑1 (MQ=17) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGAAATCTTAAAGATTTAATGAATTATAATGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt < 1:491478/140‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTACGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTAGAAAGATGGAGATATATCATATAATCCATAGGTGCCTAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTa < 2:41700/140‑1 (MQ=255) aaTCGAACACTTTAAGTTTTTTGGGGAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 2:507742/140‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCTCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATAAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGACGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa > 2:587002/1‑140 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAAGATGATTATAATGTaa > 1:153753/1‑140 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 2:676522/140‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGAAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 2:372350/140‑1 (MQ=255) aaTCAAAAACTTTAGTTTTGATGAGAAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATGATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCGGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 2:658367/140‑1 (MQ=18) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGGTTATAATGTaaa > 2:247139/1‑140 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa > 1:706045/1‑140 (MQ=255) tCGAGAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGTGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa < 2:529003/140‑1 (MQ=18) tCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa < 2:698098/140‑1 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCACAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa > 1:335543/1‑140 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATAATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa > 2:159456/1‑140 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGTAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:276314/140‑1 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGAAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:614723/140‑1 (MQ=255) cTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc < 1:98595/140‑1 (MQ=255) aaGTTTTTTGCTCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa < 1:190929/140‑1 (MQ=255) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa > 2:398837/1‑140 (MQ=255) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa < 1:97154/140‑1 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaaa > 1:666693/1‑140 (MQ=255) gcgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGATATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGAAAAACAATTACGTAAAAGatataa > 1:487511/1‑138 (MQ=255) gcgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATAGGa > 1:610777/1‑140 (MQ=255) atatAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAc > 2:397488/1‑140 (MQ=255) tataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAcc > 2:599751/1‑140 (MQ=255) tcgCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATAGAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccga < 2:389283/138‑3 (MQ=11) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATAATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATaa > 1:550683/1‑140 (MQ=255) ttaaacgATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATaa < 2:384589/134‑1 (MQ=255) gATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGcc < 2:538574/140‑1 (MQ=255) gATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTCATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGAGcc > 1:470542/1‑140 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATCTTGACGAAGCCATAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGAAATGAAATACCAACAAATAAAGCGACGAAGCt > 1:172920/1‑140 (MQ=17) tGAATTATAAAGATTGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg < 2:513770/140‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATGGATACTTACCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTACAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttg < 1:636107/140‑1 (MQ=14) tataAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTgttgtt < 2:505298/140‑1 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg < 1:378464/140‑1 (MQ=255) tatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGCTGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCTGCGAAGATGTTGTTGAAAGGTACAGGGa > 2:590323/1‑140 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTGGAAAGGTACAGGGAAttt > 2:238481/1‑140 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCAAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGt < 1:449343/140‑1 (MQ=255) cctgagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATAACCATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATTACATACCAACAAAGAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc < 1:115183/137‑1 (MQ=17) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc < 2:704754/140‑1 (MQ=255) cAGATGTGACGAGTTATTCAGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAACGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 1:246021/140‑1 (MQ=255) cAGAGGTGCCGAGTTATACATCTCAAGATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 1:14088/140‑1 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGCTTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATTTGCCATACCAACAACTAAAGCGCCGAAGATGTTCTTGAAAGGTACAGGCAATTAAAAAGAttactc > 1:596776/1‑136 (MQ=14) ggTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAGTATAATGTAAAACAATTACGTGAAAGATATGACATACCAACAACTAAAACGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGCGAATTTAAAAAGTTCATCAg > 1:230037/1‑140 (MQ=17) aGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATTATGATTATAATGTAAAACAATTATGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGTTTCATCAGTTGGata < 2:271393/140‑1 (MQ=255) tataCAGCTCAAAAAGAATGGACTAAGGATGATTATAAGGTAAATCAGGAACGGAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaa > 2:719225/1‑140 (MQ=14) aTTCAGCTCAATGTCAATTAACAAATGATAATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGACATGACATAGCTACTAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAAGTAGAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaa < 2:459651/140‑1 (MQ=17) aTTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaa < 1:575460/140‑1 (MQ=255) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaa > 2:348057/1‑140 (MQ=255) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATAATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaa > 1:464136/1‑140 (MQ=255) | TACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAA > CP000730/111374‑111649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |