| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,679,462 | (A)8→7 | intergenic (+334/‑55) | USA300HOU_2535 → / → cbpD | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,679,455 | 0 | A | . | 93.0% | 348.2 / 18.8 | 87 | intergenic (+327/‑62) | USA300HOU_2535/cbpD | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/6); new base . (30/50); total (30/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.73e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCAA > CP000730/2679317‑2679591 | tGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaa < 1:371662/141‑1 (MQ=255) gTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaa > 2:26539/1‑141 (MQ=255) gTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaa > 2:310747/1‑141 (MQ=255) tCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaa < 1:595/141‑1 (MQ=255) 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1:392670/140‑1 (MQ=255) cATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATAATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACt < 1:657958/141‑1 (MQ=255) aTTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACtt < 2:244746/141‑1 (MQ=255) tGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTAt < 1:437296/141‑1 (MQ=255) tttCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCaa < 2:420497/141‑1 (MQ=255) | TGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCAA > CP000730/2679317‑2679591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |