| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,710,898 | (T)6→5 | coding (29/1812 nt) | oatA ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,710,893 | 0 | T | . | 94.1% | 284.0 / 9.7 | 68 | coding (34/1812 nt) | oatA | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base . (32/32); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
TAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAATT > CP000730/2710754‑2711030 | tAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAtt < 1:173388/141‑1 (MQ=255) aaCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAttt > 2:443165/1‑141 (MQ=255) aaCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAttt > 2:703283/1‑141 (MQ=255) aaCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAttt > 2:209554/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGttt > 1:37442/1‑141 (MQ=255) gaagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTa < 2:419870/141‑1 (MQ=255) gaagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTa < 1:651222/141‑1 (MQ=255) agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTaaa > 2:470896/1‑141 (MQ=255) gtgttctgatgccTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTTTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTTATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTc < 2:69233/130‑1 (MQ=255) taaaacttttCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCt < 1:391452/132‑1 (MQ=255) taaaacttttCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCt < 1:391483/132‑1 (MQ=255) tCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCtttt > 2:334132/1‑141 (MQ=255) tCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTg > 1:98315/1‑141 (MQ=255) cTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCAt < 1:334103/141‑1 (MQ=255) aGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTtaat < 2:25459/141‑1 (MQ=255) 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1:32628/141‑1 (MQ=255) gtgCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTAtttt > 1:647299/1‑141 (MQ=255) gtgCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAAAGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTAtttt > 2:490529/1‑141 (MQ=255) tgCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTAttttt < 1:425696/141‑1 (MQ=255) tgCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTAttttt < 2:644860/141‑1 (MQ=255) gCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTtc < 1:808369/141‑1 (MQ=255) 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1:91060/141‑1 (MQ=255) ttCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTctct > 2:202574/1‑141 (MQ=255) aaGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTAtt < 2:449030/141‑1 (MQ=255) aaGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTAtt < 1:353350/141‑1 (MQ=255) aaGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTAtt > 1:333887/1‑141 (MQ=255) aaataaTGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGc < 2:305636/141‑1 (MQ=255) 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2:67070/1‑141 (MQ=255) cTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAatat > 1:172629/1‑141 (MQ=255) cTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAAAACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAatat > 1:440564/1‑141 (MQ=255) ataACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATAttt < 2:384694/141‑1 (MQ=255) gCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaa > 1:542860/1‑141 (MQ=255) cGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaa > 1:609854/1‑141 (MQ=255) 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2:466817/141‑8 (MQ=255) aaTGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaata > 1:383212/1‑141 (MQ=255) aaTGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaata > 2:178560/1‑141 (MQ=255) gCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaataaaa < 1:341598/141‑1 (MQ=255) cccTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaataaaat > 2:339722/1‑141 (MQ=255) tCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 2:435615/1‑141 (MQ=255) 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1:310307/141‑1 (MQ=255) aGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTa > 2:779888/1‑141 (MQ=255) tATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGAtt < 2:211864/141‑1 (MQ=255) gcgGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAAc > 2:540413/1‑141 (MQ=255) cgGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAAcc < 2:41639/141‑1 (MQ=255) aTACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCttaat > 1:792731/1‑141 (MQ=255) tACATTTTTT‑TAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATACACGCCCCATTTATTTTTCTATATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGATAATAAAATATTGCACTGTTTTTCATTAATTGATTTAACCCttaatt < 2:745010/141‑1 (MQ=255) | TAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAATT > CP000730/2710754‑2711030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |