| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,419,527 | G→T | P7T (CCT→ACT) | USA300HOU_1317 ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,419,527 | 0 | G | T | 98.6% | 222.4 / ‑2.9 | 71 | P7T (CCT→ACT) | USA300HOU_1317 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (38/31); total (39/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
TTTGGAATAAAAAATGCAAGCACACCTAATATAACAAATGTAATTACTGCAGATACAAACCATTTATTTAAAACTAAGCAACAGAATATTGTTAATAAAATCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGGCATATCGAATAATGTCATATTCATTCTCCTTTTATTTCATTACTTTCCTTGTATACATTTTATTATAAATTTTTAAAAACTTAAACAATAGCAGTCAGTTTCAAGCAATATTCTATCTACTAATAGAAA > CP000730/1419394‑1419656 | tttGGAATAAAAAATGCAAGCACACCTAATATAACAAATGTAATTACTGCAGATACAAACCATTTATTTAAAACTAAGCAACAGAATATTGTTAATAAAATCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGTCATATCg < 1:557829/141‑1 (MQ=255)tttGGAATAAAAAATGCAAGCACACCTAATATAACAAATGTAATTACTGCAGATACAAACCATTTATTTAAAACTAAGCAACAGAATATTGTTAATAAAATCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGTCATATCg > 2:418063/1‑141 (MQ=255)tttGGAATAAAAAATGCAAGCACACCTAATATAACAAATGTAATTACTGCAGATACAAACCATTTATTTAAAACTAAGCAACAGAATATTGTTAATAAAATCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGTCATATCg < 1:773370/141‑1 (MQ=255) ttGGAATAAAAAATGCAAGCACACCTAATATAACAAATGTAATTACTGCAGATACAAACCATTTATTTAAAACTAAGCAACAGAATATTGTTAATAAAATCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGTCATATCGa > 2:258919/1‑141 (MQ=255) 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2:691032/141‑1 (MQ=255) ttGTTAATAAAATCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGTCATATCGAATAATGTCATATTCATTCTCCTTTTATTTCATTACTTTCCTTGTATACATTTTATTATAAATTTTTAAAAACTTAAACAATAGcagt < 2:494152/141‑1 (MQ=255) taataaAATCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGTCATATCGAATAATGTCATATTCATTCTCCTTTTATTTCATTACTTTCCTTGTATACATTTTATTATAAATTTTTAAAAACTTAAACAATAGcagtcagt < 1:627707/141‑1 (MQ=255) ataaAATCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGTCATATCGAATAATGTCATATTCATTCTCCTTTTATTTCATTACTTTCCTTGTATACATTTTATTATAAATTTTTAAAAACTTAAACAATAGCAGTCAGttt < 1:348817/141‑1 (MQ=255) aaTCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGTCATATCGAATAATGTCATATTCATTCTCCTTTTATTTCATTACTTTCCTTGTATACATTTTATTATAAATTTTTAAAAACTTAAACAATAGCAGTCAGTTTCAAg < 2:238672/141‑1 (MQ=255) aaTCATTATTAATGTTGTGATCCATAAATAATTAGTCATATCGAATAATGTCATATTCATTCTCCTTTTATTTCATTACTTTCCTTGTATACATTTTATTATAAATTTTTAAAAACTTAAACAATAGCAGTCAGTTTCAAg < 2:328615/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |