| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,710,898 | (T)6→5 | coding (29/1812 nt) | oatA ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,710,893 | 0 | T | . | 86.2% | 93.2 / 11.7 | 29 | coding (34/1812 nt) | oatA | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base . (12/13); total (14/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
TAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAAC > CP000730/2710754‑2711022 | tAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAtt < 2:261772/141‑1 (MQ=255) cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGtt > 1:78548/1‑141 (MQ=255) agaaTGTATCTACCCCTAAAAAGCCCCCCCTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAACTAAAGATTCCTATCACTGCGAACGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTaaa < 1:34575/141‑1 (MQ=255) aaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGt < 2:118082/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat > 1:124370/1‑141 (MQ=255) gAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat > 2:213227/1‑141 (MQ=255) gCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaataaa < 1:42961/141‑1 (MQ=255) aTCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGa < 2:20224/141‑1 (MQ=255) tAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAttt < 1:15181/141‑1 (MQ=255) aGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTACCCATGTTAGTAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTa > 1:283108/1‑141 (MQ=255) aaGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTg < 2:206208/141‑1 (MQ=255) aGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGa > 2:86923/1‑141 (MQ=255) gcgGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAAc < 1:315896/141‑1 (MQ=255) | TAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAAC > CP000730/2710754‑2711022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |