Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP000730 1,672,434 C→T A187T (GCA→ACA)  rpoD ← DNA‑directed RNA polymerase sigma subunit RpoD

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007301,672,4340CT96.8% 89.2 / ‑5.5 32A187T (GCA→ACA) rpoDDNA‑directed RNA polymerase sigma subunit RpoD
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/1);  major base T (17/13);  minor base G (1/0);  total (18/14)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01

CGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACT  >  CP000730/1672298‑1672567
                                                                                                                                        |                                                                                                                                     
ctaCCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCTCAGGGATACGAATCGTACGTGCGTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTatat                                                                                                                                   <  2:259332/139‑1 (MQ=255)
  aCCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGt                                                                                                                                 <  2:119549/141‑1 (MQ=255)
  aCCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGt                                                                                                                                 <  2:309813/141‑1 (MQ=255)
   cctatatCCTGTAATAATAAACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCCTATGAACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATGCACCAGTTTGTTTATGtt                                                                                                                                >  2:14735/7‑141 (MQ=255)
           cTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACtt                                                                                                                        >  1:130101/1‑141 (MQ=255)
                ataatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATc                                                                                                                   <  1:293190/141‑1 (MQ=255)
                 taatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc                                                                                                                  <  2:321047/141‑1 (MQ=255)
                       aCGTTGAGCACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGtt                                                                                                            >  1:325204/1‑141 (MQ=255)
                         gTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTaa                                                                                                          >  2:244080/1‑141 (MQ=255)
                            gAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGt                                                                                                       <  2:179016/141‑1 (MQ=255)
                                                 ttGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTtaa                                                                                  >  1:7805/1‑141 (MQ=255)
                                                  tGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTtaat                                                                                 >  1:114848/1‑141 (MQ=255)
                                                   gtaacTACCATATGCCGAGAGATCCGCATCGAACGAGTTTGGTCACCATTTGCCCGAGTGTTTGCTTTACTATTTCACAATGTTGTCTATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCATCAACTTtattt                                                                                >  2:341426/5‑138 (MQ=255)
                                                      tCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGa                                                                             <  2:264637/141‑1 (MQ=255)
                                                          ccATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCa                                                                         >  2:234079/1‑141 (MQ=255)
                                                          ccATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCa                                                                         >  2:305686/1‑141 (MQ=255)
                                                             tatGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCatat                                                                      <  1:320470/141‑1 (MQ=255)
                                                                   caGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATCTGTTGAAAACTCAAATCGTGTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACctt                                                                >  1:14529/1‑141 (MQ=255)
                                                                     gggATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACcttct                                                              <  1:357098/141‑1 (MQ=255)
                                                                        aTACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTgg                                                           >  1:292984/1‑141 (MQ=255)
                                                                                cGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATc                                                   <  2:180742/141‑1 (MQ=255)
                                                                                   aCGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAg                                                >  1:345341/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          tGGTCAGCAATTGCACGGGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAAc                                         <  2:182538/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     tGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTGTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGAcc                              <  2:49316/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         cGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACg                          <  2:353635/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           cgTGATTGCTTGTCTTATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCAACTTGGATTAACTCAAGGAATAACATACCACGCCCTCCGTa                        <  2:219153/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                ttGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCttt                   >  1:121025/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                tcgCTTGGCTAATCCACCATGCTGGATACGTTGAAAACTTAAAACCTGTGTTCAAGTCAAATTATTCAACAGCTATAATAAGACCCATAGTACCATCTTGGACTAAACCACAGAATAACATACCACGACCTACGTaccagt                   >  2:320670/3‑136 (MQ=255)
                                                                                                                     tGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCa              >  2:222979/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                     tGTCTAATCCACCATGTCGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACAACCTACGTATCTTTTAGCa              >  2:222973/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      gTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCaa             >  2:187416/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 caTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACt  >  1:136934/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                        |                                                                                                                                     
CGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACT  >  CP000730/1672298‑1672567

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑