Predicted mutation
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RA	CP000730	1,944,670	G→A	intergenic (‑251/‑713)	splA ← / → USA300HOU_1807	S1B family serine protease SplA/hypothetical protein

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*	CP000730	1,944,670	0	G	A	100.0%	83.6 / NA	25	intergenic (‑251/‑713)	splA/USA300HOU_1807	S1B family serine protease SplA/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (15/10);  total (15/10)

TTAAATTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGTCAA  >  CP000730/1944536‑1944806                                                                                                                                       |                                                                                                                                         ttaAATTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAAtt                                                                                                                                    >  2:78968/1‑141 (MQ=255)         ttttACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGAtt                                                                                                                            >  1:248338/1‑141 (MQ=255)                   aTTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAatatat                                                                                                                  >  2:117475/1‑141 (MQ=255)                             ttatttaAATATGTTTAAAACTTAATATTAAGAAATTAACAGTGACTTTTTAGTATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAACATAGTAATATTTATTAATAAAATAAGGAAGTTTTTATATATGGCGGAATgg                                                                                                        <  2:183630/141‑1 (MQ=255)                                    aaTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACaa                                                                                                 >  1:357173/1‑141 (MQ=255)                                    aaTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACaa                                                                                                 >  1:358378/1‑141 (MQ=255)                                            tAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTa                                                                                         >  2:189013/1‑141 (MQ=255)                                            tAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTa                                                                                         >  1:129938/1‑141 (MQ=255)                                               aaCTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTaaaa                                                                                      <  2:248338/141‑4 (MQ=255)                                                   cAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATaa                                                                                  >  1:252422/1‑141 (MQ=255)                                                          aCGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCa                                                                           <  1:117475/141‑1 (MQ=255)                                                                     aTTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGt                                                                <  1:102761/141‑1 (MQ=255)                                                                              ttAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGttt                                                       <  1:78968/141‑1 (MQ=255)                                                                                           ggTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAATAACAttatta                                          >  2:262559/1‑141 (MQ=255)                                                                                             tCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTAGTGTGTTTAACAACATTATTAGc                                        >  1:306317/1‑141 (MQ=255)                                                                                               ttAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGa                                      <  2:106688/141‑1 (MQ=255)                                                                                                  aaTATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTa                                   <  2:58114/141‑1 (MQ=255)                                                                                                         attattGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTcccc                            <  1:365209/141‑1 (MQ=255)                                                                                                            attGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCtat                         >  1:367498/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                     aaaTTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGa                >  2:232128/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                      aaTTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGAc               <  1:75497/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                         tGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACACTTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTACGTATAGTGTTTAACAACATTATCAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGTCAat            >  2:131476/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                           tAATATTTATTCAGAAAGTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCTCCTATTATTTATGACAatat          >  1:113767/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                             atatTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGc        >  2:165711/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                   attCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGtcaa  <  2:347197/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                       |                                                                                                                                         TTAAATTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGTCAA  >  CP000730/1944536‑1944806

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑