| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 911,610 | G→A | intergenic (‑221/‑107) | USA300HOU_0869 ← / → sufC | hypothetical membrane protein/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 911,610 | 0 | G | A | 97.0% | 106.0 / ‑3.7 | 33 | intergenic (‑221/‑107) | USA300HOU_0869/sufC | hypothetical membrane protein/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (17/15); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |