| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 35,814 | Δ1 bp | 25.6% | intergenic (+45/+63) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 35,814 | 0 | A | . | 25.6% | 286.7 / 116.7 | 125 | intergenic (+45/+63) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/44); new base . (11/21); total (59/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TATGCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGAT‑GCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTAT > CP000730/35674‑35953 | tatGCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATa < 1:397435/141‑1 (MQ=255) cAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAg < 1:638975/141‑1 (MQ=255) aaaTTTGTCGGAATTTAAAGATGTAGCTGATCTTATTGACTGAGGTTTTAAAGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTGTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACGAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAATAATAGAAgg < 2:172124/141‑1 (MQ=255) aaaTTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAgg < 2:54566/141‑1 (MQ=255) 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1:201000/2‑141 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGAT‑GCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt < 2:19666/140‑1 (MQ=11) taataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGAT‑GCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGttt > 2:295852/1‑140 (MQ=11) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTAGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTTGTTTAAATAACAA‑CAAAATGGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGGACTGAAGAGAGCTGCGGATCt > 1:154361/1‑141 (MQ=2) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGAT‑GCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 1:439334/1‑141 (MQ=11) taaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGAT‑GCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt < 1:144924/141‑1 (MQ=38) aaGAATGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATCTAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTCCGCTTAACTTTCTAGCATGAT‑GCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtat < 2:58412/140‑1 (MQ=255) | TATGCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGAT‑GCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTAT > CP000730/35674‑35953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |