| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,180 | 0 | C | T | 27.7% | 192.9 / 59.6 | 95 | intergenic (+238/‑896) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/28); new base T (12/14); total (53/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
TGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATT > CP000730/76040‑76318 | tGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATAAAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATc > 1:39227/1‑141 (MQ=255) aaTATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGta < 2:284609/141‑1 (MQ=255) aaTATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGAGTTAGTAATCCAGGTACTACTAACACAAAGGCAATTAATTTAAAAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGta < 2:194544/141‑1 (MQ=255) ataACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTCGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTACTAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGACTCTATAGTATaa < 2:491584/141‑1 (MQ=255) aaCTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAAtt > 1:602122/1‑141 (MQ=255) tatTGCTGCACCTGTATCACTTAGAAAAGCTGCCCAAGGTGATAGAGAGCGAGGGAATACTGAGACGAAGGGGAGTGATGTAAGAATTAGAGCAACTGTTAGGGTCGGTTGCACAGGTGAATCTACAGGAAACttttgaaa > 2:70113/1‑137 (MQ=255) ttGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATGATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTaaaaaa > 2:254338/1‑141 (MQ=255) cACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTACAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAg > 1:81576/1‑141 (MQ=255) aCCTGTTTCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACGAACACATAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCATATTATTGGTTTTGTTGCAAAGGTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGt < 2:441429/141‑1 (MQ=38) ccTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGtc > 2:92884/1‑141 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |