| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 367,644 | G→T | 100% | intergenic (‑96/‑20) | nanA ← / → nagC | N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 367,644 | 0 | G | T | 100.0% | 257.7 / ‑6.5 | 79 | intergenic (‑96/‑20) | nanA/nagC | N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (48/30); minor base A (0/1); total (48/31) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATAT > CP000730/367509‑367776 | cGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTATGGACCAAGTGGGAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCatt > 1:126302/1‑140 (MQ=255) aGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAAAGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATAtt > 1:596490/1‑141 (MQ=255) gTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATAttt > 2:555177/1‑141 (MQ=255) gTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGAAACGCCACAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAAGATCTATTTGAAAATTGTATTCATAttt > 1:387634/1‑141 (MQ=255) aaCGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTAt > 2:499058/1‑141 (MQ=255) aCGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATg < 1:475915/141‑1 (MQ=255) aCGCTGCATATAAACATTTTAAATCTATGTTCATCATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCTTAAAATGTAACAATATCTTTTTGCAAATTGTATTCATATTTATg < 1:405548/141‑1 (MQ=255) tGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATACTCTAGTTTACAGCTATAATTGTAAAAGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAACATTGTATTCATATTTATGtata > 2:74297/1‑141 (MQ=255) aCCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGaa > 1:56230/1‑141 (MQ=255) cTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGaaaa < 2:559929/141‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGt > 1:653269/1‑141 (MQ=255) ttAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGt < 2:584591/141‑1 (MQ=255) tAAATCTTTGTTCATTATGAATTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGtt < 2:349357/141‑1 (MQ=255) tAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGCTAATATCGACCAAATCGATAATTGATTCTCCTAACATAAAATGTAACAATATCTTACTGAAACTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGtt > 1:321320/1‑141 (MQ=255) aaagcgttGTTCATGATGAAGGCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGttt < 2:666694/135‑1 (MQ=255) aaTCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGtttt > 2:152648/1‑141 (MQ=255) aaTCTTTGTTAATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGtttt < 2:268462/141‑1 (MQ=255) agcgttGTTCATTAAGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGttttt > 2:146416/5‑141 (MQ=255) aTCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAATCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGttttt < 2:11957/141‑1 (MQ=255) tGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCaaaa > 1:115233/1‑141 (MQ=255) tGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTACAATTAATGAAAATGTTTTTCaaaa > 1:560915/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAg > 2:55745/1‑141 (MQ=255) tGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGaa < 1:420125/141‑1 (MQ=255) gAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGaaa > 1:530601/1‑141 (MQ=255) gAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGaaa > 1:530499/1‑141 (MQ=255) gAACTCCATCCGAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTCTAATTGTAAATGCTATCATAAACAGTAACTATATCTTTTAAAAAAATTTAATCGTAATGAAGTATAATGAATGAAAATGTTTTTGCACATCAATAGaaa < 2:307125/141‑1 (MQ=255) cccTCCAAAAAACATTTGATAATATAGGTTAAAGCTATAATAGTAAACGTTATCATAACAAGTTACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCACATTTATGTATAATTACGGGAAATGTTTTTCAAAATCCATATaaaacgag > 2:55495/1‑136 (MQ=255) ccTTCAAAAATCCTTTGATAATATAGTTTATAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTTAAAATTGTATTCATATTTATGGATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagt < 2:35109/141‑1 (MQ=255) ccTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagt < 1:667687/141‑1 (MQ=255) ccTCCAAAAATCATTTGATAAGATATTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTGTTTCAAAATCAATAGAAATGgagt < 2:390183/141‑1 (MQ=255) cTCCAAAAATCATTTTATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtg < 1:137867/141‑1 (MQ=255) cTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtg < 1:560769/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATCAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATTGAACTGGAGTGCAAAAGGTGAAt > 1:366310/1‑141 (MQ=255) gTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATc > 2:133100/1‑141 (MQ=255) gTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATc < 1:144686/141‑1 (MQ=255) tACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTTTTTATTTTTTTCATATTTATGTATAATTAATAAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTTGATCGCAATCgct > 2:512164/1‑139 (MQ=255) tACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGat < 1:148514/141‑1 (MQ=255) tACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGat > 2:475619/1‑141 (MQ=255) tACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAAGGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGat < 1:310548/141‑1 (MQ=255) aCAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGGAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGata < 2:580984/141‑1 (MQ=255) aCAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGata > 1:558942/1‑141 (MQ=255) cAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGatat < 1:639071/141‑1 (MQ=255) cAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGatat > 2:254470/1‑141 (MQ=255) cAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGGCAGCTGTATTACATCGCAAtaggggt > 2:627637/1‑135 (MQ=255) gttataATTGTAAACACTAACGTAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATAGTATTAATATTTATGTATAAGCAATGAAAACGTCATACAAAATCATTAGAAATGGAGCTAGTAAGGTGTATTACATCGAAACTGATATTg > 2:245252/3‑141 (MQ=255) gCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGCGCAAGGAGTATTACATCGCAATCGATATTg > 1:618798/1‑141 (MQ=255) gCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTg > 1:559567/1‑141 (MQ=255) gCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATAGCAATCGAGATTg > 1:216931/1‑141 (MQ=255) gCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGCAAGGTGTCTTACATCGCAATCGATATTg > 2:497273/1‑141 (MQ=255) gCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATAAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGGTATTg > 1:274434/1‑141 (MQ=255) gCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATGCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTg > 2:367723/1‑141 (MQ=255) acTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAAGATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTg < 2:590439/140‑1 (MQ=255) cTATAATTGTAAACGCGATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTgg > 1:398577/1‑141 (MQ=255) tataATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCATTAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGa > 1:27700/1‑141 (MQ=255) ataATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCGTATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAg > 1:444074/1‑141 (MQ=255) aTTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCa > 2:162139/1‑141 (MQ=255) tGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACt > 1:373746/1‑141 (MQ=255) aaaCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATAAATAGAAATAGAGTGAGTAAGGTGTAGTACATCGAAATCGATCTTGGAGGCACTcga > 2:107844/1‑139 (MQ=255) aaCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCaaa < 1:565864/141‑1 (MQ=255) aaCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCaaa < 2:142323/141‑1 (MQ=255) aTAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATCTTGGAGGAACTCAAGTAAAATcag > 1:662857/1‑139 (MQ=255) aTAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCgg < 2:123454/141‑1 (MQ=255) aaaTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTGAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAg > 2:238521/1‑141 (MQ=255) aaTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGt < 1:435357/141‑1 (MQ=255) gTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTAt > 1:560893/1‑141 (MQ=255) tttGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTg < 2:251847/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGCTAAGAAATTGAatat > 2:364335/1‑141 (MQ=255) | CGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATAT > CP000730/367509‑367776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |