Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,474,639 | C→G | A9129P (GCA→CCA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,474,639 | 0 | C | G | 98.9% | 303.4 / NA | 89 | A9129P (GCA→CCA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (41/46); minor base A (0/1); total (41/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑CTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTAACTGCTTG > CP000730/1474496‑1474783 | ttCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGa < 2:535675/147‑1 (MQ=255) atCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATCTAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGa < 2:284342/148‑1 (MQ=255) atCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGACCATTGTTTAATGCATTCAATTTGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTGAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGa < 2:284746/148‑1 (MQ=255) tCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGAt < 1:21151/148‑1 (MQ=255) cGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATc < 1:283512/148‑1 (MQ=255) cGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTCCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATc < 1:660257/148‑1 (MQ=255) gACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACttg > 2:154858/1‑148 (MQ=255) aaTCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTAt > 1:467451/1‑148 (MQ=255) aTCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATCTTTTGAAGTG‑GTTGTTGCACTTGTAGCTTAtt > 2:446301/1‑148 (MQ=255) aTCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTAtt > 1:155150/1‑148 (MQ=255) aTCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTGGTTGCTTAtt > 1:497908/1‑148 (MQ=255) aTCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTAATCCACTTGTTGCTTGtt > 1:467212/1‑148 (MQ=255) ccATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGTAGTG‑GTAGATCCACTTGTTGCTTATTCg < 1:519461/148‑1 (MQ=255) tCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTGTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTATTGCATTTAAAATCTTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAt > 1:871210/1‑148 (MQ=255) tgttgAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAtttt > 1:417466/1‑148 (MQ=255) gttgAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTg < 1:298902/148‑1 (MQ=255) taGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGttt < 1:69991/147‑1 (MQ=255) tGTTTAATGCATTCAATTGGTCGCTGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACTTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTACAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTTCTTATTCGCATTTTTTTTCAATaa > 1:95600/1‑147 (MQ=255) gTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACa < 2:45496/148‑1 (MQ=255) tAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACAttt < 1:986877/148‑1 (MQ=255) aTTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagca < 1:134322/148‑1 (MQ=255) ttCAATTGGTCGATGTCATTTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGGTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcat < 2:133214/148‑1 (MQ=255) tCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCTTTTGTTTTAGCAAGTGCTAAACCTTCGTCGCCGTTTTTTGCGTGGTTGACATGTAAAAT‑TTTTTAGGTGTGTTGGGTCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatc < 2:726312/148‑1 (MQ=255) tCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatc < 2:96712/148‑1 (MQ=255) 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ttGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatcagca > 1:297912/1‑148 (MQ=255) gTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATa > 2:105040/1‑148 (MQ=255) tCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAg > 2:799692/1‑148 (MQ=255) tCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAg > 2:488292/1‑148 (MQ=255) cGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGc < 2:91157/148‑1 (MQ=255) 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ttAAAATATTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTACCacg > 2:70218/1‑146 (MQ=255) aaaTATGTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTc < 1:501272/148‑1 (MQ=255) tatTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCAtt < 1:221497/148‑1 (MQ=255) aatTTTGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTACTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCAtt < 1:537164/147‑1 (MQ=255) tttaaGTG‑GTTGATTCACTTGTTGCTTTTTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTAACt < 1:295134/145‑1 (MQ=255) ttGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTAACt > 2:423173/1‑148 (MQ=255) ttGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTAACt < 2:423314/148‑1 (MQ=255) tGAAGTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTAACtc > 1:321930/1‑147 (MQ=255) gAAGTG‑CGTGGTCCACTTGGTTGTTATTCGCATTTTGCTTCAATTCATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGGAATCGACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTAACTGc < 2:95600/148‑1 (MQ=255) gTG‑GTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTCGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTAACTGCttg < 2:222217/148‑1 (MQ=255) | ATCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTG‑CTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTAACTGCTTG > CP000730/1474496‑1474783 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |