| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 406,961 | C→G | 61.3% | A353G (GCA→GGA) | atoB → | acetyl‑CoA C‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 406,961 | 0 | C | G | 61.3% | 16.3 / 36.3 | 31 | A353G (GCA→GGA) | atoB | acetyl‑CoA C‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/5); new base G (12/7); total (19/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
AATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTGAATGTTAAAGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTAT > CP000730/406823‑407101 | aaTTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTGAATGTTAAAGGTGGTGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGCAt < 1:177890/141‑1 (MQ=255) gAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTGAATGTTAAAGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGGATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACa > 2:144986/1‑141 (MQ=255) aaTTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTAAATGTTAAAGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACat > 2:224640/1‑141 (MQ=255) gAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAACGGTGAATGTTAAAGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCAt > 1:38730/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cctGAAAAGGTGAATGTTAAAGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGGGGc > 1:36753/1‑141 (MQ=255) aaaGGTGAATGTTAAAGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGGATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGGGGTCa > 2:195241/1‑141 (MQ=255) aaaCGTGAAGGAAAAAGGTGTCGCTATTGCATTATGACAGCCCATCGGAAGAGCTGGTGCTCGAGTATTAGTGACATTATCGCATCAACTGAATGATGAAAATTAAACTGGCTTCACATCGTAGTGTaccgggagcagtca > 2:195247/1‑128 (MQ=255) aaGGTGAATGTTAAAGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCaa > 2:25088/1‑141 (MQ=255) tgaaGGTGGTGCTATTGCCTTAGGACCTCCTATTGGTGGATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACGGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTTTCGCTGc < 1:175073/139‑1 (MQ=255) aaaGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGAATTGGTGGCGGTTAAGCTATCGCTGCa > 2:119557/1‑141 (MQ=255) aaGGTGGCGCTATCGCATTAGGACATCCTATTGGTGGCTCTGGACCTGGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGCAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAg < 1:120340/141‑1 (MQ=255) aGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGGATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGt < 1:29864/141‑1 (MQ=255) ggCGCTATTGCATTAGGACATCCTGTTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTa < 2:81573/141‑1 (MQ=255) tGCATTAGGACATCCTATTGGTGGATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGGCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGta > 2:222946/1‑141 (MQ=255) gCATTAGGACATCCTATTGGTGGATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGtat < 2:259118/141‑1 (MQ=255) 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AATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATCATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAAGGTGAATGTTAAAGGTGGCGCTATTGCATTAGGACATCCTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTAT > CP000730/406823‑407101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |