Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 512,643 A→G 41.8% intergenic (+711/‑150) recR → / → rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730512,6430AG41.8% 23.6 / 45.1 43intergenic (+711/‑150)recR/rrs1recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (10/15);  new base G (7/11);  total (17/26)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCA  >  CP000730/512507‑512780
                                                                                                                                        |                                                                                                                                         
gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                                       <  2:17851‑M1/28‑1 (MQ=255)
    tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                                                                   <  2:68142/141‑1 (MQ=255)
         ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                              >  1:253272‑M1/105‑141 (MQ=255)
         aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                              <  1:70907/141‑1 (MQ=255)
                     gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                  <  2:177176‑M1/49‑1 (MQ=255)
                      aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTTAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                                 >  1:197331/1‑141 (MQ=255)
                      aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                                 >  1:258252/1‑141 (MQ=255)
                       gTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                                <  2:38995/141‑1 (MQ=255)
                               gaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttgtttaatcaaacgttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGaaaa                                                                                                        <  1:108802‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                    tacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                                                   >  1:216542‑M1/78‑141 (MQ=255)
                                      cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                                                 <  1:19814‑M1/66‑1 (MQ=255)
                                       gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                                                                >  1:45885‑M1/75‑141 (MQ=255)
                                        ttccgctagagtagaaagttgcaaagctgttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTTTTGTCGTTAAGAAAAATGAACAtt                                                                                               >  2:126435‑M1/74‑141 (MQ=255)
                                         tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATTAACatta                                                                                              <  2:30455‑M1/69‑2 (MQ=255)
                                         tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                              <  1:39998/141‑1 (MQ=255)
                                         tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                              <  1:36677/141‑1 (MQ=255)
                                         aatttatttGTTGCGTCAAACAAATAAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAATTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                              <  2:134799/140‑1 (MQ=255)
                                          atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                                             >  2:133739/1‑141 (MQ=255)
                                             tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTACCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAAGGAAAATTGcaaa                                                                                          >  2:91515/1‑141 (MQ=255)
                                             tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                                          >  2:12748/1‑141 (MQ=255)
                                                 agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                                      <  1:238755‑M1/77‑1 (MQ=255)
                                                 agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                                      >  1:266687‑M1/65‑141 (MQ=255)
                                                  gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATACTTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAGGAACATTAAAAACTGaa                                                                                     >  1:111375/1‑141 (MQ=255)
                                                     gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                                                  <  1:57485/141‑1 (MQ=255)
                                                              caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                                         <  1:259290‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                 acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                                      >  2:97583/1‑141 (MQ=255)
                                                                      tcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa                                                                 >  2:236069/1‑141 (MQ=255)
                                                                       caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                                <  1:128482/141‑1 (MQ=255)
                                                                         ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                                              <  2:114561‑M1/101‑1 (MQ=255)
                                                                          attAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAATACTCAGCATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                             <  1:134674/140‑1 (MQ=255)
                                                                               aaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAACTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                                        <  2:225960‑M1/107‑1 (MQ=255)
                                                                                        tGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                               >  1:29779/1‑141 (MQ=255)
                                                                                           atttatAAAGAAAAGTAATTTTAAAAAGTTATTGAATAGAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGGCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAATCTGAATGACAATATGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATaa                                            <  2:69828/136‑1 (MQ=255)
                                                                                             tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                                          <  1:94151/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                                        >  1:18267/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTGcaaaa                                   <  2:230889‑M1/128‑2 (MQ=255)
                                                                                                     aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa                                  <  1:12280/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    aaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt                   <  1:133739/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aGTTATTAACTTAAATGTTGCTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCACCGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGAATTTAta                  >  1:176021/1‑140 (MQ=21)
                                                                                                                        tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCCTGTCGGTAAGAAAAATGACCCTTGAAAACCGAACTCCAATATGTCCACGTTACTAACAATCTACGTAACTATAAGTTACAAACATGATTTAGTATTTATGAGc               <  2:265291/141‑1 (MQ=21)
                                                                                                                          ttGACTTAAATGTTGATAACATGTATAATTAATTCATGTCGGAAAGAAAAATGAACATTGAAACCAGAATGACAATATGTCAACGTTAATACCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAACCACTACTTAGTATTTATGAGCTa             >  2:108365/1‑141 (MQ=18)
                                                                                                                             aCTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATc          <  2:14280/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     gTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca  <  2:176557/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     gTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca  <  1:12748/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        |                                                                                                                                         
GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCA  >  CP000730/512507‑512780

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: