| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,504,989 | T→C | 9.8% | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_2365 → / ← gltT | hypothetical protein/DAACS family dicarboxylate/amino acid:sodium (Na+) or proton (H+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,504,989 | 0 | T | C | 9.8% | 111.0 / 8.3 | 53 | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_2365/gltT | hypothetical protein/DAACS family dicarboxylate/amino acid:sodium (Na+) or proton (H+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/23); new base C (2/3); total (26/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-03 | |||||||||||
TTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > CP000730/2504849‑2505129 | tttGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGt < 1:133465/141‑1 (MQ=255) tGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCAGGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTcc > 2:100126/1‑141 (MQ=255) catAAACGCCCCTCACATGCTGAGGTCACTCCGCTCCGGGTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaacaac < 2:132848/141‑1 (MQ=14) atAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAAcc < 1:93402/141‑1 (MQ=255) tAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTACCTAACAACCt > 1:22321/1‑141 (MQ=11) aaaGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGa > 1:44059/1‑141 (MQ=255) aaaGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTAGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTACCTaacgactagc > 2:75242/1‑137 (MQ=11) aacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCt > 2:100577/1‑141 (MQ=255) gtgaCTGCGCCCCCGTTCGCCTTCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTCACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACTTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg < 2:26162/138‑1 (MQ=17) gTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCg < 1:98179/141‑1 (MQ=11) cACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGcc < 1:78130/141‑1 (MQ=11) tGCGCTCCGCTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTgc < 2:81623/141‑1 (MQ=255) ccgTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAg < 2:40670/139‑1 (MQ=255) ggTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAgc < 1:19629/141‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTATCAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCATGCGCtaaagcg < 1:4977/141‑7 (MQ=255) tCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgca > 1:23741/1‑141 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgc > 1:61565/1‑141 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgc > 1:30202/1‑141 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgc > 1:30168/1‑141 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTAAGGTCACTACGCTTCAGTACGCCTGCGCATTAACgcataa > 2:44208/1‑139 (MQ=14) cTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgca < 2:37509/141‑1 (MQ=255) tGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgcat < 1:67703/141‑1 (MQ=255) tGCGCTTGAGCGCATGCAGAAAAGCCTCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgcat < 2:85352/141‑1 (MQ=255) cgcTTTAGCGCATGCATAAAAGACCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATaa < 2:135024/141‑1 (MQ=255) cTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAGAGGTCACTACGCTTCGGTACGCCTGCGCAGTAGCGCATGCATaaaa > 2:102418/1‑141 (MQ=11) cTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATaaaa > 1:107586/1‑141 (MQ=255) cTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTAAGGTCGCTACGCTCCCGATCGCCTCCACATTAGCGCATACATagaa > 2:32616/1‑141 (MQ=14) tAGCGTATGCATAATAGCCCACAACTACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTTGACTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGACCCTAGCAACCTGATGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAATGcc < 2:42165/141‑1 (MQ=14) tAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaa > 2:56938/1‑88 (MQ=25) gcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGcccc < 1:2041/141‑1 (MQ=255) tAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAg < 2:36696/114‑1 (MQ=37) tAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAg > 1:36696/1‑114 (MQ=255) tAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCa > 1:37582/1‑141 (MQ=255) aaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTATCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAg < 1:92812/141‑1 (MQ=255) ccccTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAAcctgaggtc < 1:100126/141‑8 (MQ=255) ccccTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGtt < 2:37582/141‑1 (MQ=255) cccTAACAACCTGAGGTCCCTACGCTTCGGTTCGCCTGCCCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAAcctgaggtca < 2:48897/141‑9 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAAcctgaggtcac > 1:17604/1‑132 (MQ=255) aacaacCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAAcctgcggtcactac > 1:71660/1‑129 (MQ=255) cTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCtt < 1:123546/141‑1 (MQ=255) ggTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTaaa > 1:115293/1‑141 (MQ=255) ggTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCCGATCGCCCGCGCATTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACACCCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTaaa > 2:68349/1‑141 (MQ=18) cACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGt > 1:106804/1‑141 (MQ=255) ccGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGa < 1:59255/140‑1 (MQ=255) aCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGa < 2:30202/141‑1 (MQ=255) aCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGa > 1:123183/1‑141 (MQ=255) gTTCGACTGCGCTTTAGCGCATGCCTACGAGTCCCTAACAGCCAGAGGTCACTAGGCTTCGCCGCGCCTGCGCATGAGCGCAGGCATAAGAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAttt > 2:82619/1‑141 (MQ=25) cggctgccttttCGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAtttttt < 2:17954/132‑1 (MQ=255) cGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAtttttt > 1:59853/1‑141 (MQ=255) cGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAtttttt < 1:40344/141‑1 (MQ=255) cTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTaaa > 2:99076/1‑141 (MQ=255) cTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGAt < 1:79167/141‑1 (MQ=255) tAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaa < 1:56938/88‑1 (MQ=255) atAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGCTCGCCTGCGCTTTCGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGCTTTTAAATATTCtt > 2:12669/1‑141 (MQ=255) tCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCttt < 1:117659/141‑1 (MQ=255) | TTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > CP000730/2504849‑2505129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |